Второе чудесное заступление иконы Владимирской Божией Матери датируется 1480 годом, когда хан Золотой Орды Ахмат направил на Русь свои войска в надежде собрать дань. Иван III с войском готовился принять бой на другом берегу Угры. Дождавшись, когда река покроется льдом, татары двинулись вперед. Русское войско, получив приказ к отступлению, обратилось в бегство. Однако татары, решив, что русские пытаются заманить их в засаду, также начали отступать. Сами того не ожидая, русские войска одержали победу.
Летописцы объясняли это чудо следующим образом: «Да не похвалятся легкомысленные страхом их оружия. Нет, не оружие и не мудрость человеческая, но Господь спас ныне Россию». Не случайно считается, что монголо-татарское иго на Руси было свергнуто именно благодаря покровительству Владимирской иконы.
На протяжении XV века святыню неоднократно возвращали во Владимирна-Клязьме и снова привозили в Москву. Окончательно икону перенесли в новый Успенский собор столицы в 1480 году, во время нашествия Ахмата.
В 1521 году Москва была спасена от разорения войсками татарского хана Махмет-Гирея также благодаря чудесному заступничеству иконы Владимирской Божией Матери.
Троекратное чудесное избавление Москвы от Тамерлана, Ахмата и Махмет-Гирея отмечается Русской православной церковью три раза в год: 8 сентября (26 августа по старому стилю), 6 июля (23 июня по старому стилю) и 3 июня (21 мая по старому стилю). В былые времена торжества, устраиваемые в каждый из этих дней, сопровождались крестным ходом с чудотворной иконой из Успенского собора в Сретенский монастырь.
Третий по счету праздник, который отмечается 3 июня, является престольным днем храма Владимирской иконы Божией Матери в Новопавловске. В этот день все православные люди обращаются к Богу с молитвой: «Да избавит Он город наш, и все города, и страну нашу Российскую от всякой клеветы вражией, хранит нас от всякого зла, от врагов спасет и от междоусобной вражды, и спасет души наши яко милосерд».
С чудотворной иконой Владимирской Божией Матери тесно связана история другого чудотворного образа. Желая сохранить память о чудесном явлении ему Богородицы, князь Андрей заказал написание иконы. При этом искусные художники, опираясь на рассказ князя, в точности отобразили Богородицу и Христа в том виде, в котором Они предстали перед ним. Постепенно количество желающих поселиться в святом месте росло, и в обители не хватало места для всех. Так образовался небольшой поселок, который год от года расширялся и превратился в город под названием Боголюбов. Икона же, написанная по заказу князя Андрея, навсегда осталась в городском храме и стала величаться Боголюбской. Благоверный князь часто посещал Боголюбскую обитель, чтобы в уединенной келье помолиться и предаться размышлениям. Особенно он полюбил находиться в монастыре после скоропостижной кончины наследника, благоверного князя Глеба, причисленного после смерти к лику святых. Здесь его и подкараулили злоумышленники, недовольные строгим правлением князя. Они предали его насильственной смерти, после чего разграбили монастырь и церковь.