Его дальнейшее осознание было связано с отмежеванием общего (всеобщего) знания от частного, локального в пределах совокупного научного знания - "протознания". И в той мере, в какой прикладное знание входило в состав "протознания", под "частным" знанием подразумевалась кроме естественнонаучного знания также и информация прикладного характера. Само "общее" понималось как "теоретическое", а "частное" - как "эмпирическое". В течение многих веков понятие "теоретическое знание" отождествлялось с понятием "философское знание". Вследствие нерасчлененности теоретического на философско-теоретическое и частнотеоретическое сама философия в тот период выступала натурфилософией. Частные естественные науки в течение длительного времени не имели в своей структуре теоретического уровня знания. "Теоретическое", "умозрительное" относилось к философии как учению об общем. Становление теоретического естествознания проходило поэтому стадию "философского" осмысления. Понимание философии как учения о всеобщем (теоретическом) встречается уже у Аристотеля. Всеобщие характеристики бытия, всеобщая связь должны быть выделены, по Аристотелю, внутри "философии" ("протознания") в особую дисциплину, которую он назвал "первой философией". У Аристотеля, как видим, два значения термина "философия". Если первое ("протознание") противопоставлялось мифологии, было направлено на отграничение знания от мифологии, религии, то второе преследовало цель отграничения от "частного" (от прикладных и эмпирических наук).
Тем самым было обозначено появление в истории науки проблемы "философия и наука". Оно выразилось тогда в установлении определенной субординации между "первой философией" и частными науками. Наука о первых началах, указывал Аристотель - "это безраздельно господствующая и руководящая наука, наука, которой все другие, как рабыни, не вправе сказать и слова против" (Аристотель. "Метафизика". М. - Л., 1934. С. 45). В этом положении сформулирована задача философии как "науки наук", противостоящей всем другим наукам.
Установившееся впоследствии за "первой философией" название "метафизики" (то, что "после физики") стало синонимом философской науки о первых началах, о всеобщем (в настоящее время термин "метафизика" имеет три значения: как онтология, как философия вообще и как всеобщий метод, противоположный диалектике).
Дальнейшее углубление этой линии на разграничение и противопоставление науки о всеобщем наукам о "единичностях" происходило во второй половине XVIII - первой половине XIX в. в трудах И. Канта, И. Г. Фихте, Ф. В. Шеллинга, Г. В. Ф. Гегеля. Кант, например, считал, что "метафизика и есть подлинная, истинная философия" (Кант И. "Логика". Пг., 1915. С. 692). Метафизика, по Канту, должна основываться на гносеологии, на учении о всеобщем в мышлении.