Водохранилище изувечило естественную дельту реки Или при впадении ее в Балхаш. Это сложнейшее природное образование, созданное тысячелетиями, было богато тугайными и тростниковыми зарослями, обширными пастбищами, множеством озер. Здесь было царство водоплавающей птицы, изобилие фазанов, различных зверей, процветало ондатровое хозяйство, дававшее около двух миллионов рублей золотом ежегодной прибыли.
Сейчас дельта реки деградировала, тугайные заросли высыхают, многие звери и птицы исчезли, выпасы скота резко сократились. Пытаясь хотя бы частично сохранить пастбища, стали самовольно перегораживать протоки дельты для орошения, построено двадцать самодеятельных плотин и пять вододелителей большой стоимостью. Эти стихийные регулировки еще больше отнимают воды у Балхаша. Решив обуздать этот хаос, перегородили проток Джидели специальной плотиной, затратив на ее строительство немалые деньги. При первом же половодье плотину подняло и искорежило. Вода не пожелала пойти по пути, намеченному проектировщиками этого бесполезного сооружения. Как водится, никто не понес никакой ответственности за затраченные попусту миллионы народных денег.
Все эти манипуляции убедили в неуправляемости дельты, и тогда пришли к выводу ее больше не трогать, предоставив природе самой налаживать расстроенное здоровье. Урон от деградации дельты реки Или, целого природного комплекса, исчисляется многими сотнями миллионов денег. Урон материальный. А моральный, нравственный?
Воды реки Или после создания водохранилища стали более засоленными, нежели прежде. Сказывается пропитывание и промывание низких засоленных берегов левой стороны водохранилища, а также испарение с его обширной поверхности. В них появилась примесь удобрений, гербицидов, пестицидов, сбрасываемых в водохранилище. Мало того, обнаружены такие опасные яды, как ДДТ, ГХЦГ, от использования которых более десятка лет назад отказались многие страны, в том числе и наша. Количество этих ядов в воде повышается весной и осенью. Откуда они берутся — загадка.
Дельта реки с ее могучими тростниковыми зарослями выполняла роль своеобразного естественного фильтра и чистильщика загрязненной воды, чистота пресной части Балхаша в известной мере была обязана этому природному барьеру загрязнения. Существовал проект забирать воду из дельты реки в цементированные каналы для снабжения пресной водой, минуя дельту. Обсуждался проект спрямления и углубления протока дельты. Он вызовет еще большее загрязнение Балхаша и гибель дельты.
Много говорилось о гибели Аральского моря, было высказано немало пылких предложений в его защиту. Но проблема Арала в какой-то мере оказалась неизбежной: водами Сырдарьи и Амударьи орошен громадный массив земли для сельского хозяйства ради потребностей резко возросшего населения Средней Азии. Правда, воды этих двух крупных рек пустыни используются нерационально, слишком велики ее потери впустую. Но это уже другой разговор. Достоин ли подобной участи Балхаш? Развеиваемые ветрами, высохли тростниковые заросли — места нереста и кормежки промысловых рыб, убежище водоплавающей птицы, и берега озера — голый песок да камни.