При этом руководитель ведомства чрезвычайно зависел от своих ближайших сотрудников, которые непосредственно вели канцелярскую работу. Так, Д. А. Толстой не вникал в подготовку даже важнейших законопроектов (например, об учреждении земских начальников). Во многом это было обусловлено масштабами министерского делопроизводства, обрекавшего руководителя ведомства на бесконечную бумажную работу. Д. А. Толстой любил хвастаться, что читал все бумаги, приходившие из 12 департаментов его министерства. Только на это у него уходило 4 часа в день.
Столь сложно устроенная бюрократическая машина нуждалась в механизмах согласования решений. В противном случае и так мало упорядоченная система обратилась бы в хаос. Это способствовало прочности положения бюрократических коллегий, прежде всего Государственного совета. И все же в восприятии императора это высшее законосовещательное учреждение Российской империи служило оплотом противников господствовавшего направления, поддерживаемого самим царем. Ведь там задавали тон очевидные оппоненты правительственного курса – ближайшие сподвижники Александра II. Их «могущество» вызывало возмущение и Победоносцева, и Толстого, и Каткова. Впрочем, имела место и альтернативная точка зрения тех, кто был недоволен попытками умалить значение Государственного совета.
Общее собрание Государственного совета – лишь вершина айсберга. Были еще его департаменты с могущественными статс-секретарями. Была и Государственная канцелярия, которая определяла ритм законотворческого процесса. Нередко она существенно задерживала прохождение законодательных инициатив. Так, проект нового университетского устава более полугода пролежал в Государственной канцелярии.
Ее «диктатура» вызывала у многих резкое раздражение. Александр III в январе 1882 г. так определил свое отношение к работе этого учреждения: «Я сидел в Государственном совете, будучи великим князем, и уже тогда меня коробило от направления, которое получали дела благодаря стараниям Государственной канцелярии». Император подозревал ее чиновников в либеральном направлении. Порой ставился вопрос: откуда газетчикам становилось известным все происходившее на заседаниях Государственного совета. Опять же подозревали «неблагонадежных» чиновников канцелярии.
Канцелярские средства борьбы были тем более значимы, что прямое политическое столкновение представителей бюрократии было едва ли возможно. Характерно, что последовательный защитник судебных уставов 1864 г. министр юстиции Д. Н. Набоков так о них публично отзывался: «В основе судебных учреждений лежит фальшь. Но разве я этого не сознаю? Разве судебные учреждения созданы мною? Разве я допустил бы суд присяжных?» Но при этом судебную систему, основанную на фальши, по словам Набокова, не следовало трогать, дабы не расшатывать и так зыбкие основы правопорядка. Иная аргументация в 1880-е гг. со стороны министра юстиции была бы немыслимой.