Самолеты пилотировали летчики 1-го Краснознаменного учебно-методического центра авиации ПВО СССР (УМАЦ) с аэродрома Сейма (Горьковская обл.) и пилоты из 10-го, 11-го и 14-го истребительных авиакорпусов. Вот как описывает свои полеты на МиГ-9 С.А. Микоян, племянник конструктора Микояна. Летом 1948 г. он по договоренности с Василием Сталиным совершил несколько полетов на «МиГе» и Як-15 с аэродрома Сейма: «Кабина летчика на МиГ-9 расположена ближе к носу самолета, что улучшало обзор вперед также и в полете, но зато в поле зрения не попадало крыло. Как же контролировать крен? Ведь до сих пор мы определяли крен главным образом по передней кромке крыла.
Оказалось, что это можно делать и по обводам остекления кабины, потом это стало настолько естественным, что вопросов ни у кого не возникало.... Ресурс двигателей до переборки составлял только 25 часов. Расход топлива был по сравнению с поршневыми самолетами непривычно большой, а запас его в баках, особенно у «яка», ограничен. Чтобы экономить ресурс и топливо, планировали на посадку (в это сейчас трудно поверить!) с выключенным двигателем — после четвертого разворота, на посадочной прямой, убедившись, что расчет нормальный и приземление будет вблизи «Т», выключали двигатель, и дальше процесс был необратимым — уйти на второй круг было нельзя. На «миге», имевшем два двигателя, один выключали еще раньше — после третьего разворота. В конце пробега по инерции сворачивали на боковую площадку, там уже ждала буксировочная машина, отвозившая самолет на предстартовую площадку, где снова запускали двигатели для следующего взлета.
На МиГ-9 была еще одна интересная особенность. Струя от двигателей, проходящая под задней частью фюзеляжа, создавала под ней разрежение воздуха, из-за чего возникала сила, стремящаяся опустить самолет на хвост. Когда, выведя двигатели на максимальный режим для взлета, я отпустил тормоза, самолет, тронувшись с места, стал поднимать нос. Я отдал ручку полностью от себя, но он не слушался и «встал на дыбы». Чтобы не зацепиться хвостом за землю, пришлось нажать на рычаг тормозов, нос опустился, а когда скорость увеличилась, самолет уже стал слушаться аэродинамического руля. В начале разбега тормоза следовало отпускать постепенно и плавней давать газ».
В течение года на базе 1 -го УМАЦ сосредоточили 85 МиГ-9 и развернули масштабную переподготовку летчиков и техников на реактивные истребители. Серийные самолеты постепенно поступали в части соединений ПВО страны. Одними из первых МиГ-9 получили 303-я истребительная авиадивизия в Риге — 15 самолетов; 309-я авиадивизия во Львове — 4 самолета; 3-я Гвардейская авиадивизия в Минске — 10 самолетов. До конца года «МиГи» появились еще в составе 15-й ГвИАД Прикарпатского ВО, 5-й ГвИАД в Кенигсберге.