В начале 1941 г. появились признаки того, что война с Японией может начаться в любой момент. Активизировались дипломаты и военные заинтересованных сторон, включая голландских, которые провели серию переговоров с американскими и британскими коллегами. Удалось сделать много для координации сил на случай возможной войны с Японией. В апреле было подписано соглашение между Голландским правительством и правительством Великобритании, одним из пунктов которого была передача части голландских подводных лодок, находившихся в Ост-Индии, под британское командование. Субмарины должны были использоваться в обороне Сингапура. Голландские штабисты, во исполнение этого указания, приняли решение выделить для обороны британской крепости новейшие лодки, в число которых вошла и O-16. 20 сентября 1941 г. ее командиром был назначен капитан 3 ранга Антон Якобус Буссемакер, для которого это была одна из трех должностей: одновременно он являлся командиром 1-го дивизиона подводных лодок, а также командующим всеми подводными силами в колонии. Вскоре после назначения Буссемакер отбыл в Сингапур, где обсудил с британскими коллегами детали использования подводных лодок, а также ознакомился с условиями базирования вверенных ему боевых единиц.
15 ноября 1941 г. O-16 и K-XVII (третья субмарина дивизиона - K-XVIII - в это время находилась ремонте) прибыли на рейд Сурабайи, где на них начали грузить запасы по штатам военного времени. 21 ноября был получен приказ о готовности к переходу в Сингапур, который должен был состояться до 9 декабря. 27 ноября американцы объявили так называемое «Военное предупреждение», доведя информацию об этом до союзников. Командующий голландским флотом в Ост-Индиях адмирал Хелфрих получил эту информацию во время бала. По прибытии в штаб он отдал приказ о повышении боевой готовности. 30 ноября две голландские подводные лодки вышли в море. 1 декабря союзная разведка получила информацию о том, что японцы высадят десант в районе перешейка Кра (Королевство Таиланд). Командующий британской военно- морской станцией в Китае адмирал Лейтон рассчитывал, что союзные подводные лодки займут позиции в Сиамском заливе, но у Хельфриха было особое мнение, весьма отличающееся от мнения британского коллеги. Он отдал приказ подводным лодкам выйти на позицию в 50 милях от Куантана (восточное побережье Малайи), то есть в 300 милях от Сиамского залива. К исходу суток O-16 и K-XVII заняли назначенные им позиции, где и патрулировали до 7 декабря.
Состав голландского подплава Тихий океан, декабрь 1941 г.