Уже в ходе постройки была добавлена дополнительная защита крыш и боковых стенок погребов главного и вспомогательного калибра в виде тонких броневых листов (25 - 37 мм). Она предназначалась для предохранения от случайных осколков. На дополнительную защиту погребов пошло 220 т из 690 т, дополнительно выделенных для усиления оборонительных качеств линкоров. Остальные 470 т пришлись на дополнительное местное бронирование рубок, КДП и систем проводки к ним, прожекторного мостика на передней трубе и т.п. В частности, силовые и коммуникационные кабели и их распределительные коробки прикрывались 25-37-мм броней. Трудно сказать, насколько оправданной оказалась замена двух орудий главного калибра на эти распыленные в виде тонких листов, но необходимые прикрытия. Расположение и защита кабелей и электропроводки оставалось слабым элементом всех линейных кораблей времен второй мировой войны. Видимо, удовлетворительного решения этой проблемы просто не существует, поскольку проводка внизу, под броневой палубой, уязвима в случае затоплений, а верхняя проводка требует для надежного прикрытия слишком большого веса.
Местное бронирование рубок и прочих объектов управления ограничивалось легкими противоосколочными экранами. Считалось, что для этой цели достаточно 37-мм листов, однако многие объекты не получили даже столь ограниченной защиты. Универсальные 133-мм установки имели такое же чисто символическое прикрытие, как и на крейсерах ПВО (25 мм), что обрекало их на выход из строя от попадании крупных осклоков снарядов линкоров и даже от прямых попаданий снарядов эсминцев. Вообще вспомогательная артиллерия защищалась недостаточно. В первоначальном проекте предлагалось использовать для переборок, окружавших 133-мм погреба, обыкновенную кораблестроительную сталь. Совет Адмиралтейства вовремя "выловил" эту несуразность, оставлявшую открытыми для раскаленных осколков очень уязвимый объект (весьма вероятно, что роковой взрыв на "Худе" имел начало именно в погребах вспомогательной артиллерии). Как уже указывалось, в ходе постройки решили установить дополнительные 51-мм плиты, защищающие погреба по высоте на протяжении двух палуб. Носовой директор (КДП) главного калибра был покрыт 12,7-мм высокопрочной сталью "Дюкол" (сталь "D"), а его основание - 19-мм броневыми листами. Более существенно защищался кормовой КДП, прикрытый 75-мм нецементированной броней. Уже в заключительной стадии постройки, в конце 1940 г конструкторы предложили оборудовать аналогичной защитой и главный КДП, но предложение было отклонено Адмиралтейством, поскольку даже минимальная задержка ввода кораблей в строй казалась крайне нежелательной.