Весной 1873 г. Скобелев принимает участие в хивинском походе в качестве офицера Генерального штаба при Мангишлакском отряде полковника Ломакина. Цель похода – во-первых, укрепить русские границы, подвергавшиеся точечным нападениям местных феодалов, снабженных английским оружием, а во-вторых – защитить тех из них, которые перешли под российское покровительство. Вышли 16 апреля, Скобелев, как и другие офицеры, шел пешком. Суровость и требовательность в условиях военного похода, причем в первую очередь к себе, отличали этого человека. Потом, в мирной жизни, могли быть слабости и сомнения, во время военных действий – максимальная собранность, ответственность и отвага.
Так, 5 мая возле колодца Итыбая Скобелев с отрядом из 10 всадников встретил караван перешедших на сторону Хивы казахов и, несмотря на численный перевес противника, бросился в бой, в котором получил 7 ран пиками и шашками и до 20 мая не мог сидеть на коне. Возвратившись в строй, 22 мая с 3 ротами и 2 орудиями он прикрывал колесный обоз, причем отбил целый ряд атак неприятеля. 24 мая, когда русские войска стояли у Чинакчика (8 верст от Хивы), хивинцы атаковали верблюжий обоз. Скобелев быстро сориентировался и двинулся с двумя сотнями скрыто, садами, в тыл хивинцам, опрокинул их подошедшую конницу, атаковал затем хивинскую пехоту, обратил ее в бегство и возвратил отбитых неприятелем 400 верблюдов. 29 мая Михаил Скобелев с двумя ротами штурмовал Шахабатские ворота, первым пробрался во внутрь крепости, и хотя был атакован неприятелем, но удержал за собой ворота и вал. Хива покорилась.
Скобелев – генерал от инфантерии.
В 1875–1876 годах Михаил Дмитриевич возглавлял экспедицию против мятежа феодалов Кокандского ханства, направленную против кочевников-грабителей, разорявших российские пограничные земли. После этого в чине генерал-майора был назначен губернатором и командующим войсками Ферганской области, образованной на территории упраздненного Кокандского ханства. Как военный губернатор Ферганы и начальник всех войск, действовавших в бывшем Кокандском ханстве, принимал участие и руководил баталиями при Кара-Чукуле, Махраме, Минч-Тюбе, Андижане, Тюра-Кургане, Намангане, Таш-Бала, Балыкчи и др. Он же организовал и без особенных потерь совершил изумительную экспедицию, известную под именем «Алайская». Став главой Ферганской области, Скобелев нашел общий язык с покоренными племенами. Сарты хорошо отнеслись к приходу русских, но все же оружие у них было отобрано. Воинственные кипчаки, раз покоренные, держали слово и не восставали. Михаил Дмитриевич обращался с ними «твердо, но с сердцем».