Первый конкурс истребителей проходил с 20 января по 12 февраля 1918 г. в Адлерсхофе под Берлином. Как известно, победителями в нем стали самолеты V.11 (точнее, V.11/2, отличавшийся удлиненным фюзеляжем) и V.18, являвшиеся прототипами «Фоккера» D.VII, а также «Пфальц» D.VII - биплан с ротативным мотором (впрочем, в серию внедрили не эту машину, а модификацию D.VIII с двухстоечной бипланной коробкой вместо одностоечной). Оба V.13 показали в ходе конкурса неплохие летные данные, но были забракованы из- за ненадежных двигателей. В первую очередь это касалось установленного на V.13/2 мотора «Сименс-Гальшке», способного устойчиво работать до переборки в течение всего 7-10 часов. Тем не менее, военные решили принять самолет на вооружение, присвоив обозначение «Фоккер» D.VI. Подразумевалось, однако, что серийные машины получат пусть и менее мощные, но более надежные «Оберурсели» Ur.II или «Гебель» Goe.II. Обе модели двигателей развивали мощность 110 л.с. Ввиду перехода к менее мощному двигателю были предприняты меры для облегчения планера серийного истребителя - в частности, длину фюзеляжа «Фоккера» D.VI по сравнению с V.13/1 уменьшили на 45 см, на столько же уменьшился и размах верхнего крыла. В итоге, взлетная масса серийной машины составила 583 кг против 640 кг у V.13/1.
В марте 1918 г. фирма получила заказ на 120 истребителей «Фоккер» D.VI. Первая серийная машина (военный номер 1631/18) впервые поднялась в воздух с заводского аэродрома в Шверине 26 апреля 1918 г. Самолет сразу же отправили в Адлерсхоф для официальных летных и статических испытаний. Подробности их неизвестны, но результаты, вероятно, удовлетворили военных, поскольку в мае 1918 г. фирма получила заказ на ещё 150 «Фоккеров» D.VI. Однако, построены были далеко не все заказанные машины. В течение мая 1918 г. было сдано 23 «Фоккера» D.VI, в июне - 26 экземпляров, в июле - ни одного и в августе - последние девять аэропланов. Таким образом, с учетом первой машины, выпущенной в апреле, было изготовлено 59 серийных «Фоккеров» D.VI (в некоторых публикациях указывается более «круглая» цифра в 60 машин). Причиной прекращения производства «Фоккеров» D.VI стала конкуренции со стороны другого изделия той же фирмы - «Фоккера» E.V. Этот моноплан-парасоль, оборудовавшийся тем же мотором, что и «Фоккер» D.VI, отлично зарекомендовал себя во время второго конкурса истребителей и сменил биплана на производственной линии.
Подавляющее большинство выпущенных «Фоккеров» D.VI комплектовались двигателями «Оберурсель» Ur.II (110 л.с) или «Тулин» - теми же «Рон», выпускаемыми в Швеции. Несколько экземпляров получили-таки проблемные двигатели «Оберурсель» Ur.III (145 л.с.). А вместо моторов «Гебель» Goe.II устанавливались новые Goe.III (160 л.с.) - их получили 12 самолетов (номера 1637/18, 1639/18, 1640/18, 1643/18 и с 1669/18 по 1676/18). Стрелковое вооружение не отличалось от стандарта для немецких истребителей того времени и состояло из пары 7,92-мм синхронных пулеметов.