В январе 1558 г. царь Иван Грозный направил Д.И.Вишневецкого разорять кочевья крымских татар. Летопись свидетельствует: "Со князем Дмитрием же Государь отпустил Игнатия Заболоцкого з жилцы да Ширяя Кобякова с детми боярскими и иных атаманов с казаки да сотских с стрелцы". Следы того похода мы находим в документе 1588 года, где указано, что Дедиловским казакам за Азовскую и Черкасскую послугу были даны придаточные (наградные) земли. Летом 1561 г., как свидетельствует летопись, к царю Ивану IV Грозному прибыли казаки "Михайло Кирилов да Ромашка Ворыпаев и сказали, что князь Дмитрий Вишневецкой Государю изменил, отъехал с Поля (т. е. со степного порубежья), з Днепра в Литву к Полскому королю со всеми своими людми, которые были с ним на Поле…". 5 сентября 1561 г. Сигизмунд II Август вернул князю все его звания и земли. Согласно феодальным традициям вассал со своим отрядом мог отказаться служить своему сюзерену, если тот нарушал заранее оговоренные условия, что и произошло между Иваном Грозным и князем Вишневецким, – это не считалось изменой. С уходом князя Вишневецкого, Белев окончательно теряет свой статус частновладельческого города и превращается в военно-административный центр государственного уезда Московской Руси.
При утверждении опричнины в 1565 г. Иван IV объявил Белев своей собственностью и в числе 27 городов с волостями забрал в опричнину. В конце апреля 1563 и в мае 1566 он со всем своим двором навещал город. В Белевском, Можайском и других юго-западных районах Московского государства разместилась основная масса опричников, выселив землевладельцев, не принятых в состав опричного двора.
Трагическим оказалось для Белева лихолетье смутного времени и польско-литовской интервенции. Верным центральному правительству Белев оставался и в Смутное время, не раз стойко выдерживая и отражая нападения поляков и казаков.
Во время восстания Ивана Болотникова в 1607 г. Белев был захвачен отрядом крестьян, соединившихся с местным населением города и уезда. Три полка царских войск овладели Белевом только после жесточайшего сопротивления.
В 1611–1615 гг. город и окрестности подвергались набегам и опустошению со стороны поляков, литовцев и украинцев. В 1613 г. литовцы сожгли острог, но сама крепость уцелела. Через год польский гетман Лисовский подступил к Белеву, но был разгромлен русскими войсками князя Дмитрия Пожарского. В последний раз, в 1618 г., на Белев напал польский воевода Чаплинский. Белевцы отбили его, хотя воеводы, Левшин (потомок Семена Левшина) и Афремов, пали в бою.