Руководители допросов из военной разведки заставляли тюремщиков "создавать условия" для "эффективных допросов". Военная разведка использовала охранников тюрьмы Абу-Грейб из числа военных полицейских для того, чтобы их руками выполнять эту грязную работу. Несмотря на строгий запрет начальства, главный свидетель — сержант Триста второго батальона военной разведки США Сэмюэл Прованс — заявил в интервью телекомпании ABC, что в различных издевательствах над иракскими военнопленными и их пытках участвовали сотни американских солдат. В его присутствии следователи военной разведки рассказывали, что отдавали военной полиции распоряжения "выбивать со всей жестокостью показания" из заключенных.
Сабрина Харман из Триста семьдесят второй роты показала под присягой, что представитель военной разведки говорил о "воздействии" на заключённых с капралом Грейнером, который отвечал за секцию 1А: "Военная разведка хотела, чтобы эти люди заговорили. В обязанности Грейнера и Фредерика входит содействовать военной разведке и другим службам, заставляя их говорить". От военной разведки поступило указание создать для заключённых невыносимые условия, "не давать им спать".
"Грейнер зашел в камеру и забрал меня в комнату номер тридцать семь, в душевую, — дал показания заключенный № 18 170 Абду Хусейн Саад Фалех. — Потом он принес коробку из-под еды и заставил меня встать на нее. Одежды на мне не было, только одеяло. Потом высокий чернокожий солдат подошел и присоединил электрические провода к моим пальцам и пенису и надел на голову колпак". К Халиду Шейху Мохаммеду применяли "градуированные уровни силы": его, связанного, погружали в воду и угрожали утопить. Также, запугивая заключённых, на них натравливали специально обученных военных собак. Тех, кто отказывался сотрудничать со следствием, насиловали или били, порой до смерти.
"Они обещали, что заставят нас желать смерти, которой мы не дождемся, — рассказал заключенный № 151 362 Амин Сайд аль-Шейх. — Меня они раздели догола. Один американец сказал, что изнасилует меня. Он нарисовал женщину у меня на спине и заставил встать меня в постыдную позицию, держать в руках собственную мошонку". Сам капрал Грейнер подтвердил, что агенты военной разведки просили его делать разные такие вещи, но никогда письменно, так что пожаловаться ему было не на что. Служащие военной разведки хвалили Грейнера за то, как он обращается с их заключенными: "Молодцы, хорошо сработано, они ломаются... Продолжайте в том же духе. Ещё что-нибудь в таком же роде".
Сержант Джавал С. Дейвис из Триста семьдесят второй роты под присягой сообщил, что наблюдал, "как пленников в подведомственной военной разведке секции 1А заставляли делать вещи, спорные с моральной точки зрения. Нам говорили, что в крыле 1А действуют другие правила и другой регламент обращения с заключенными. Я никогда не видел этого "другого регламента" или списка правил для этого крыла — они существовали только на словах".