Крохотный архипелаг теперь оставался единственным чужим звеном в единой цепи морских коммуникаций мусульман на пространстве от Алжира до Босфора. Уже поэтому атака на него становилась вопросом времени, и возникшая задержка была связана с нехваткой гребцов на галерном флоте в Стамбуле, солдат для абордажного боя, продовольствия и даже боеприпасов. Все это пожирала мусульманская агрессия, сметавшая все на своем пути в направлении от Босфора до Дуная, первой жертвой которой стали Балканы.
Целый ряд признаков свидетельствовал о приближении решающего момента. Под видом рыбаков турецкие специалисты-саперы обследовали укрепления Мальты, в результате чего султан получил модель укреплений острова, на которой отрабатывал варианты атак вместе с будущими предводителями правоверного воинства полумесяца. С января 1565 года Стамбул вдруг оказался закрытым городом для иностранцев. В донесениях оттуда испанского посольства отмечалась лихорадочная работа на турецких верфях, лично контролируемых султаном. При этом для серьезной военной операции на Мальте требовались не только пушки и боезапас к ним, но и всё, чего нельзя было получить на Мальте – вплоть до воды и дров. По оценкам сведущих людей (в позднейшие времена называвшихся то шпионами, то разведчиками), указанные мероприятия обошлись Оттоманской Порте в треть годового дохода.
На этом общем фоне временами возникали проблемы экзотического (на современный взгляд) характера: например, транспортировка морем лошадей, поскольку требовалась кавалерийская поддержка войск после десантирования, и, таким образом, даже в те времена десантная операция была сложным делом. Эти приготовления не остались без внимания на Мальте, хотя вице-король Сицилии, отвечавший за поддержку Мальты, дон Гарсия Толедский оказался в затруднительном положении не только из-за голода, поразившего Италию, но и из-за весьма расплывчатых королевских инструкций из Мадрида.
Между тем сам орден решал проблему собственного обеспечения привычным способом, нападая на все суда в доступных акваториях и забирая с них все, что можно было забрать, начиная с пресной воды, не говоря о продовольствии или порохе. После получения тревожной информации с берегов Босфора дон Гарсия Толедский в апреле 1565 года проинспектировал укрепления Мальты, особо указав де Валлетту на роль форта Святого Эльма в системе обороны острова, одновременно обнаружив его опасные недостатки, что подтвердилось позднее. В Гранд-Харбор 7 мая была установлена цепь поперек бухты, разделяющей полуострова Биргу и Сангли. Комендантом крепости Медины в центре острова (всего в 12 километрах от побережья) был назначен рыцарь Педро Мезкито из Португалии, с четким указанием держаться до последнего в случае вражеской осады, поскольку вверенная ему крепость становилась в предстоящих событиях последней надеждой мальтийцев.