Особого описания требуют подразделения янычар, игравшие ударную роль во всех предприятиях подобного рода. Они появились еще в 1363 году при султане Мураде в качестве личной охраны, и первоначально формировались из христиан, перешедших на сторону турок-магометан, во избежание ненужного контакта с остальными подданными. Со временем их ряды стали пополняться юными отпрысками христиан, воспитанными в мусульманской вере. Теперь их не принимали как христиане, которые видели в них изменников, так и мусульмане, не доверявшие им в силу их происхождения. Это был прием, достойный позднейших иезуитов, но с точки зрения власти, он оправдал себя, потому что этим людям из своего круга некуда было податься за его пределы. Они, почитая султана вместо родного отца, получили особое положение в войске: снабжение, обеспечение обмундированием и снаряжением, при разделе добычи и т. д. Особенностью вооружения янычар были новые аркебузы, более длинные по сравнению с европейскими. Они требовали больше времени для перезарядки, зато стреляли дальше и точнее, что защитники Мальты вскоре испытали на себе в полной мере. Указанный источник в приведенном перечне почему-то не указывает подразделений спаги, близких по назначению к европейским драгунам, которые в зависимости от обстановки могли сражаться как в пешем, так и в конном строю, вооруженных помимо холодного оружия луками, арбалетами и фитильными ружьями. Видимо, количество спаги несколько превышало численность янычар.
В ночь на 19 мая это войско начало высадку под водительством Мустафы-паша (1500–1580). При этом сухопутный и морской начальники не ладили друг с другом, о чем знал султан Сулейман. Поэтому он планировал усилить их кораблями и живой силой из Триполи на границе Ливии и Туниса под командой Драгута, которому поручалось общее руководство операцией по захвату Мальты. Он должен был сглаживать разногласия подчиненных командиров, но оба паши своим прибытием опередили его.
С современной точки зрения, происходившее на Мальте в 1565 году является поучительным примером десантной операции с целью захвата будущей оперативной базы для направленных действий против христианского побережья Европы и, одновременно, защиты собственного североафриканского побережья с его пиратскими гнездами. Правда, некоторые морские историки (например, немец Альфред Штенцель) это важнейшее событие в истории Средиземноморья не считает таковым, поскольку непосредственного столкновения флотов противников, по его мнению, так и не произошло, одновременно не отрицая, что осада Мальты 1565 года явилась прологом к знаменитому Лепантскому сражению 1571 года. Европа между тем внимательно следила за происходящим на Мальте, не строя себе иллюзий, о чем свидетельствовало высказывание английской королевы Елизаветы I: «Если турки победят на Мальте, невозможно представить себе, насколько станет опасным положение всего христианского мира».