Вся система обороны острова держалась, таким образом, на четырех узлах сопротивления будущему противнику. В бухте Гранд-Харбор это были замки Святого Ангела на полуострове Биргу и Святого Михаила на полуострове Сангли, разделенные неширокой акваторией Докярд Крик, через которую по указанию де Валлетта был наведен наплавной мост, что позволяло маневрировать личным составом своих подчиненных, перебрасывать их по мере необходимости из одной горячей точки к другой, что сыграло важную роль в последующих событиях. Третий узел обороны, выбор которого, казалось бы, позволял контролировать своей артиллерией обе соседние бухты – форт Святого Эльма, имел существенный недостаток: недостроенный равелин вблизи главных стен самого форта, что сыграло роковую роль в судьбе самого форта и поставило на грань поражения всю систему обороны мальтийских рыцарей, о чем ниже. Четвертым узлом обороны, несмотря на ветхость крепостных построек, оказалась крепость Медина, оказавшаяся несколько в стороне от основных событий. Она располагалась всего в 12 километрах от места основной высадки турок и пиратов в бухте Мерсамексет. Такое расположение объектов обороны Мальты, как оказалось, имело свои плюсы и минусы. Все вместе перечисленные объекты свидетельствовали о несомненном стратегическом мышлении тех, кто выбирал и строил эти сооружения.
Обитатели Мальты все же успели надежно укрепить подходы к замку Святого Ангела и усилить оборону форта Сент-Эльм на крайней северной точке полуострова Шиберрас между бухтами Мерсамексет с запада и Гранд-Харбора с востока. Именно здесь, на площади всего чуть больше квадратного километра, развернулись основные военные действия.
Форту Святого Эльма и предстояло сыграть в обороне Мальты важнейшую роль, особенно на начальном этапе, в полном смысле заслонив собою столицу острова. Правда, начатое и не законченное укрепление треугольных очертаний у западных стен форта (так называемый равелин) оказалось его наиболее слабым местом, это оказался наиболее серьезный просчет в обороне Мальты, за который ее защитники заплатили по полной.
Была также отработана система сигнализации между отдельными узлами обороны в пределах всего архипелага. После первых сообщений о высадке противника де Валетт, обращаясь к рыцарям, заявил: «Нет лучше случая, чем этот. Поспешим же, братья, на этот алтарь, вспомним наши клятвы!» Этот взгляд разделяли и остальные защитники Мальты, включая аборигенов, которых рыцари поначалу не принимали в качестве серьезной военной силы. Для гроссмейстера ордена предстоящее противостояние выглядело продолжением деяний предшественников, отстаивавших интересы ордена в пустынях Палестины, Сириии, на Родосе, но в отличие от них на этот раз речь шла уже о самом существовании ордена, которому было уже отступать некуда, что порождало совершенно новую ситуацию для ордена в целом и для каждого рыцаря в отдельности.