К разочарованию обоих турецких военачальников, укрепления мальтийцев в районе высадки оказались значительно сильнее, чем это было известно по сведениям Синан-паши и собственным первым впечатлениям. Несмотря на это, оба паши приступили к осаде форта Святого Эльма (комендант де ла Серда) вплотную, на чем особенно настаивал Пиали-паша, считавший, что его резервы бесконечны, особенно в сравнении с возможностями осажденных. Несколько сот христианских голов, продемонстрированных будущему руководству в лице Драгута, могли стать доказательством рвения обоих пашей, но как раз именно этого и не случилось. Эти первые атаки, несмотря на весь свой напор, показали плохую подготовку мусульманского воинства, когда, например, янычары отправились на штурм со слишком короткими лестницами и т. д. Более того, уже в первых атаках турки несли ощутимые потери, особенно от «огненных колес», обручей от бочек, обмотанных пенькой и тряпками, пропитанными горючим составом, которые, врезаясь в плотную толпу атакующих в широких одеждах, поджигали их, выводя из строя.
Командующий гарнизоном форта Святого Эльма Хуан де ла Серда считался вассалом испанского короля Филиппа II и по известному правилу «вассал моего вассала – не мой вассал» полагал, что его обязанности по отношению к ордену ограниченны. Это уже отразилось в его рапорте де Валетту: «Форт невелик, слаб для обороны, без фланговой защиты уподобляется чахоточному телу, которому для поддержания жизни нужно много лекарств». Де Валлетт поблагодарил его за столь ценную информацию, направив подкрепление из 120 солдат во главе с капитаном Медрано, что на время подняло настроение осажденных. Тем не менее состояние обреченности не покидало их, и де Валетту пришлось приложить немало усилий, чтобы переломить его.
Все же в Биргу 6 июня было получено из Сент-Эльма очередное послание за подписью всех рыцарей, по сути, просившихся на самоубийственный бой, чтобы погибнуть не в качестве пушечного мяса, а в соответствии со своими понятиями чести. Однако подобное не входило в планы де Валлетта. Его ответ гласил: «Можете уходить. На место каждого найдутся четыре добровольца». Рыцари, в соответствии с канонами ордена о подчинении, вняли увещеваниям главы ордена. Вместе с небольшим очередным подкреплением в форт были переправлены «огненные обручи» от бочек, обмотанные тряпками, пропитанными горючим составом, которые, пущенные по склону на атакующих, врезаясь в их плотную толпу, выводили из строя сразу нескольких воинов.
Между тем в рядах осаждающих происходили раздоры, когда представители флота во главе с Пиали-пашой предъявляли многочисленные претензии сухопутным войскам Мустафы-паши, а оба паши вместе поносили янычар, не оправдавших себя в первых боях.