Всего против обреченного форта действовали десять 80-фунтовых пушек и две кулеврины, стрелявшие 60-фунтовыми ядрами. Особую опасность для немногочисленного гарнизона представлял василиск, одним выстрелом посылавший 160 фунтов картечи. Одновременно мусульмане стали засыпать вырубленные в скале из мягких коренных пород рвы, мешавшие им подойти к стенам форта, под защитой которых в непростреливаемых участках они сами предполагали накапливать силы для последнего решительного броска.
Осажденные в Сент-Эльме уже по результатам первых атак и обстрела поняли, что продержаться долго им не удастся. Всё складывалось против защитников Сент-Эльма настолько безнадежно, что уже 5 июня шевалье Миранда, имевший репутацию безупречного воина, в замке Святого Ангела высказал мысль, что придется пожертвовать обреченным фортом. Однако уперся де Валетт, решивший продолжать оборону Святого Эльма до последней крайности, обрекая его гарнизон на гибель с целью нанести мусульманам наибольший ущерб, для чего он направил морем в обреченный форт комиссию из одиннадцати своих соратников, которая подтвердила оценки командующего, одновременно разрешив желающим покинуть форт, переправившись в Гранд-Харбор: этим предложением никто не воспользовался.
Свое решение де Валетт мотивировал следующим образом: «Я знаю, что форт не может держаться, но для спасения ордена необходимо, чтобы вы защищали форт до последней минуты, хотя бы вам пришлось погрести себя под его развалинами. От одного дня больше или меньше зависит спасение Мальты, и теперь представился случай, чтобы вы по данному вами обету должны считать жизнь ни во что, если пожертвование ею может быть полезно вере. Я доставлю вам подкрепление и снаряды и сам, будьте в том уверены, явлюсь, чтобы умереть среди вас» (Архенгольц. С. 264). Это было обычное военное решение, когда частным приходится жертвовать ради главного, но на войне, как на войне.
Положение форта Святого Эльма ухудшалось с каждым днем, особенно когда он оказался под продольным обстрелом батарей с мысов Тинье (западный берег бухты Мерсамексет) и Виселец (восточный входной в соседнюю бухту Мирса-Сироко, на современных картах Гранд-Харбор), начиная с 4 июня, охватывающих полуостров Шиберрас с обоих сторон. На следующий день траншеи турок вплотную подошли к стенам форта, окончательно отрезав его от сообщения с Гранд-Харбор, откуда морем еще могла поступать помощь.
Сообщение очередного перебежчика о состоянии гарнизона форта настолько вдохновило Мустафу-пашу, что он 14 июня предложил капитуляцию защитникам Сент-Эльма по примеру Родоса. Защитники форта отогнали парламентера выстрелами, это была еще одна неудача осаждающих.