На обоих противостоящих флотах большое значение придавалось, выражаясь современным языком, повышенное значение идеологической работе. У христиан папский легат внушал своим подопечным слепую уверенность в победе, ссылаясь на волю небес, тогда как на флоте мусульман служители Аллаха, помимо аналогичной поддержки, внушали своей пастве по опыту былых сражений презрение к неверным собакам, осмелившимся бросить вызов воинству самого Аллаха. По Архенгольцу, однако, по сути, «два флота искали друг друга – не для того, чтобы уничтожить один или другой, но чтобы поочередно гоняться за врагом, и никто не ожидал встретить серьезное сопротивление» (Черчилль. Т. 2. С. 279). Тем разительнее оказался эффект исторической морской битвы, к которой не столько морское командование, сколько государи оказались не готовы, что имело самые определенные последствия, о которых ниже.
В сведениях о противостоящем флоте магометан, который возглавил капудан-паша Али, большинство морских историков его корабельный состав определяют в количестве 220–230 кораблей, полагая, что, таким образом, он несколько превышал численностью союзный флот христиан, отмечая одновременно некомплект в экипажах галер. Командующий флотом магометан Али во время пребывания в Коринфском заливе был вынужден перевести на свои корабли часть гарнизонов из ближайших береговых крепостей. Такое пополнение просто не успело из солдат превратиться в моряков, что, несомненно, отразилось на их боевых качествах. Кроме того, у мусульман практически отсутствовало огнестрельное вооружение, (аркебузами были вооружены только две тысячи янычар), они больше полагались на луки и самострелы. В отличие от турок, солдаты (точнее, морская пехота) флота дона Хуана были защищены кирасами и нагрудниками, не считая шлемов, а также щитов по бортам, предохранявших воинов и гребцов от вражеских стрел. Хотя численность воинов-магометан несколько превышало количество таковых на христианском флоте, отмеченные обстоятельства уравнивали шансы сторон на победу. В день сражения, состоявшегося 7 октября 1571 года, погода оставалась ясной, причем легкий бриз около десяти часов поменял свое направление с восточного на западное.
Своим построением флоты противников перегородили поперек узость Коринфского залива вблизи его устья, причем галеры капудан-паши Али располагались восточнее нестройной линии христиан, заранее продемонстрировав попытку охвата своими флангами фланги флота дона Хуана, что было обычной практикой тех лет. В свою очередь христиане продемонстрировали ряд тактических новинок, которые во многом обеспечили их успех в ходе сражения: во-первых, они выдвинули вперед в центре своего построения все шесть венецианских галеасов, вооруженных артиллерией, и, во-вторых, также в центре, создали резерв из галер испанца Санта-Круса, тем самым подкрепив и без того сильный центр своего построения. Это в принципе обещало флоту дона Хуана разобщение корабельного построения флота противника на два обособленных прибрежных отряда в случае разгрома его центра. Важно, что усилия обеих сторон были сосредоточены на поражении именно центра противника с последующим охватом флангами. Это был важный шаг в развитии тактики морского боя, который, однако, не мог быть воспринят одновременно всеми флотами.