К тому времени заметными стали изменения в типах судов, используемых пиратами, поскольку они по-своему следили за прогрессом в судостроении, тем более, что галеры или всякая мелочь вроде шебек, тартан, полак или бригантин не слишком подходили для условий Атлантики, прежде всего по мореходным качествам. На смену им в XVII веке пришли галеоны, более приспособленные как для артиллерийского, так и для абордажного боя с европейскими торговыми судами, нередко вооруженными, благо в те времена по своей архитектуре и размерам военные корабли и торговые суда не слишком отличались друг от друга. Что касается пиратства, к которому оказался сопричастен описываемый архипелаг, то его искоренение произошло в Средиземном море только с присоединением Алжира к владениям Франции уже в 30-х годах XIX века.
Мальта несомненно произвела впечатление на генерала Бонапарта, поскольку она, по мнению означенного генерала, «располагает наилучшим портом Средиземного моря, имеет 30 тысяч жителей, красивые дома, прекрасные набережные, великолепные склады для хлеба, изящные фонтаны. Укрепления отличаются большой протяженностью, построены из тесаного камня, все склады – вне пределов досягаемости бомб. Различные фортификационные сооружения, батареи и форты нагромождены друг на друга». В этих замечаниях в одинаковой степени проявился как вкус француза-южанина, так и трезвый взгляд стратега-аналитика высшего класса.
По его сведениям, Мальтийский орден для защиты побережья Южной Европы «мог иметь 6–7 линейных 74-пушечных кораблей, столько же фрегатов и вдвое меньше мелких судов с тем, чтобы одна треть их них постоянно крейсировала перед Алжиром, Тунисом и Триполи. Он мог бы положить конец варварийскому разбою, принудив пиратов жить в мире. В этом случае орден заслужил бы благодарность всего христианского мира. Половины его доходов было бы достаточно, чтобы достигнуть этого великого и благодетельного результата. Но рыцари, по примеру других монахов, присвоили имущество, которое им было предоставлено ради общественного блага и нужд всего христианского мира. Роскошь приоров, бальи, командоров вызывала возмущение всей Европы…
…Ополченцы, гордые, как и все островитяне, чувствовали себя оскорбленными наглостью и высокомерием рыцарей-дворян. Они жаловались, что являются у себя на родине иностранцами, не допускаемыми к занятию доходных и почетных должностей. У них не было привязанности к ордену. Они видели во французах защитников своих прав. К тому же сама организация ополчения находилась в небрежении, ибо орден давно уже не опасался вторжения турок и, напротив, боялся установления гегемонии коренных жителей. Если фортификационные сооружения и материальные средства обороны были достаточно обширны, то моральный фактор сводил их к нулю…» С прибытием французов на пути к берегам Египта «никогда Мальта не видела столь бесчисленного флота в своих водах. На большом протяжении от берега море было покрыто кораблями всех размеров, чьи мачты напоминали огромный лес…