Кондуктор Давыдов попытался призвать команду к порядку, но был убит. Лобадин решил немедленно расстрелять всех остальных кондукторов и артиллерийских квартирмейстеров-инструкторов, но те сумели привлечь на свою сторону большинство учеников и успели вооружиться. Арестованные офицеры были освобождены, и мичманы Крыжановский и Сакович возглавили подавление мятежа. (Николай Николаевич Крыжановский был женат на родной сестре адмирала Колчака А.В. В 1948—1949 годах в издававшемся в Нью-Йорке журнале «Морские записки» он опубликовал в трех его томах свои обширные и бесценные по содержанию воспоминания о бунте на «Памяти Азова» и его подавлении.)
Снова началась стрельба. Почти все революционеры собрались на баке, отстреливаясь от команды. Несколько человек бросились за борт. В перестрелке Лобадин был смертельно ранен писарем Евстафьевым и затем сам застрелился, после чего мятежники сдались. Коптюх бросился в воду, но его оттуда выловили. Обезоруженных арестованных революционеров и большую часть команды свезли на берег, оставив лишь часть машинной команды. На следующее утро сдался забаррикадировавшийся в парусной каюте член комитета баталер Гаврилов. В тот же день новым командиром крейсера был назначен капитан 1-го ранга Александр Парфенович Курош, старшим офицером – капитан 2-го ранга князь Трубецкой.
Всего по делу восстания на крейсере «Память Азова» арестовали 221-го матроса и 4 штатских. Некоторых сразу отпустили. К суду были привлечены: 91 нижний чин и четверо штатских. Дело разбиралось в Ревеле судом Особой комиссии. Заседания суда начались 31 июля и происходили ежедневно до 4 августа, когда в 1 час ночи подсудимым прочитали краткий приговор: Коптюх и 17 человек нижних чинов были приговорены к смертной казни через повешение; 12 – к каторжным работам на срок от 6 до 12 лет, 13 матросов разослали по дисциплинарным батальонам и тюрьмам, 15 присудили к дисциплинарным наказаниям, 34 матроса были оправданы. Командующий отрядом своей властью заменил повешение расстрелом, и утром 5 августа 18 приговоренных были расстреляны и похоронены в море.
Мятеж был подавлен, однако эти события стали главным поводом для переименования корабля. В 1907 году крейсер был лишен георгиевского флага и стал учебным судном, а 12 февраля 1909 года учебное судно «Память Азова» получило новое имя – «Двина». С осени 1915 года «Двина» становится плавучей базой английских подводных лодок, действующих в Балтийском море. 31 марта 1917 года под давлением «революционных масс» Морское министерство издало указ «О возвращении названий кораблям, отнятым у них за революционные выступления», в результате которого «Двина» снова стала «Памятью Азова». Весной 1918 года англичане взорвали свои корабли и эвакуировали личный состав соединения. Крейсер «Память Азова» был частично законсервирован у причальной стенки Кронштадтской гавани. В 1918 году «Память Азова» был флагманским кораблем русского морского начальника при обеспечении Ледового похода флота из Гельсингфорса в Кронштадт.