Поскольку первоначально вопрос о силовой операции даже не стоял (могли пострадать дети), террористам передали оружие и боеприпасы. После этого начальник гарнизона контр-адмирал Шевченко предложил себя в качестве заложника в обмен на детей. Бандиты взяли его в заложники вместе с водителем, но детей освобождать не стали. Лишь войдя в автобус, они все же отпустили 23 школьника и вместе с остальными заложниками вновь поехали на аэродром, где их ждал все тот же Ан-26.В это время в Москве на Лубянке уже разрабатывался план по обезвреживанию террористов. На Новую Землю прилетели бойцы подразделения Департамента по борьбе с терроризмом УФСБ по Мурманской области (незадолго до ЧП сотрудники этой группы проводили учения по ликвидации террористов, захвативших ядерный объект). Один из офицеров УФСБ вступил в переговоры с бандитами. Те пообещали, что отпустят заложников, когда им беспрепятственно дадут погрузиться в самолет. Это условие было выполнено. Через несколько минут по трапу самолета действительно спустились оставшиеся 25 человек. Среди них оказался и один из террористов, решивший сдаться. Таким образом, на борту Ан-26 остались трое террористов и четверо членов экипажа. Когда люк за последним заложником захлопнулся, экипаж попытался запустить двигатели. Однако из этого ничего не вышло. Террористы стали кричать: «Взлетайте! А то всех убьем». Но командиру группы захвата удалось их успокоить. «К сожалению, самолет неисправен», – объяснил он и предложил пересесть в другой, который уже выруливал на взлетную полосу.Когда террористы стали спускаться по трапу, началась операция по их захвату. Один из бандитов, заметив бросившихся к трапу спецназовцев, вскинул автомат, но выстрелить не успел. Пуля снайпера попала ему в руку. Остальные преступники тут же упали на землю и не оказали никакого сопротивления.
11 сентября 1998 года произошло еще одно мятежное событие на Северном флоте России. На одной из атомных подводных лодок (АПЛ) типа «Акула» матрос Кузьминых расстрелял восьмерых своих сослуживцев и тяжело ранил одного офицера, после чего забаррикадировался в торпедном отсеке, угрожая взорвать боезапас. 19-летний матрос Александр Кузьминых был призван Приморским военкоматом города Санкт-Петербурга в ноябре 1997 года. Мать, брат, священник и психолог безуспешно пытались заставить его сдаться. В ответ на уговоры матрос пригрозил взорвать одну из торпед в отсеке, где он забаррикадировался. После 23 часов осады матрос был убит бойцами спецподразделения ФСБ.
Глава пресс-службы Северного флота заявил, что на борту АПЛ ядерного оружия не находилось, а у Кузьминых не было возможности произвести взрыв или потопить подлодку. Однако прочие корабли, находившиеся вблизи захваченной лодки, были переведены в другой район. Несмотря на заверения официальных лиц Северного флота о невозможности подрыва торпеды без специальных знаний, в 1995 году двое матросов срочной службы лишились жизни, когда, орудуя лишь одной кувалдой, пытались извлечь цветной металл из украденной боеголовки. Тот факт, что были эвакуированы другие АПЛ и суда вблизи захваченной лодки, означает, что никто не мог гарантировать, что обезумевший матрос не взорвет одну из 40 торпед «Акулы». Взрыва в торпедном отсеке было бы достаточно, чтобы повредить ядерную энергетическую установку АПЛ. Норвежские службы радиационной безопасности находились в полной готовности в течение всего происшествия, которое происходило в 120 км от норвежской границы.