Оставив часть отряда в Тумбесе, он отправился с лучшими солдатами в глубь страны, чтобы привлечь на свою сторону туземное население. Франсиско использовал политику Кортеса. Грабеж был запрещен. Доминиканские монахи обращали индейцев в христианство. Поход превратился в крестовый, и у солдат появилось ощущение их божественного предназначения. Жажда золота не уменьшилась, но теперь она рядилась в мантию христовой истины. Индейских вождей, оказывавших сопротивление, сжигали живьем в назидание другим, и вскоре вся округа была покорена.
В июне он заложил поселение на реке Чира, примерно в 80 милях к югу от Тумбеса. Поселение строилось по обычному колониальному образцу: церковь, арсенал и здание суда. Однако, несмотря на то что в Сан-Мигеле существовало законно назначенное городское правление, Писарро воспользовался своими полномочиями, данными испанским правительством. Это дало ему возможность наделить каждого колониста землей, а поскольку индейцы привыкли к палочной дисциплине, которую насаждали их собственные правители, они не роптали. Все добытое золото и серебро испанцы переплавили в слитки, и Писарро сумел уговорить солдат отказаться от своей доли. Поэтому после вычета королевской доли, пятой части, он смог отправить сокровища на двух судах в Панаму, оплатив счета экспедиции.
Сокровища, разумеется, подтвердят рассказы капитанов о блестящих возможностях, открывающихся перед поселенцами в Новой Кастилии. Но Писарро не мог решить, стоит ли ему ждать подкрепления или сразу выступить в поход. Три недели он размышлял, пока не обнаружил, что бездействие порождает недовольство. Писарро решил выступать. Тем более что Атауальпа покинул столицу инков Куско и был теперь в Кахамарке. Куско находился примерно в 1300 милях от Сан-Мигеля. До Кахамарки же было всего около 350 миль, на высоте 9 тысяч футов. Дорога, по сообщениям союзных индейцев, должна была занять не более 12 суток.
24 сентября 1532 года, примерно через шесть месяцев после своей первой высадки на побережье, Писарро выступил из маленького поселения. Отряд состоял из 110 пехотинцев (но лишь 20 из них были вооружены арбалетами или аркебузами) и 67 всадников. Это было жалкое войско, не способное противостоять инкам. Атауальпа, как сообщали, лечился на вулканических источниках Кахамарки (рана, полученная во время междоусобной войны против собственного брата, загноилась). Кроме того, он совершал объезд своих новых владений, добиваясь их полного подчинения. Его сопровождала армия, насчитывавшая, по некоторым оценкам, от сорока до пятидесяти тысяч воинов.