Договорились, что Альмагро отправится открывать новые страны на юге, и если найдет что-нибудь хорошее, то для него будет испрошено наместничество у его величества короля; если же ничего не найдет, то Писарро разделит с ним свои владения.
После этого Альмагро занялся приготовлениями к новому походу. 3 июля 1535 года во главе отряда, состоящего из 500–700 испанцев и 15 тысяч индейцев, он выступил из Куско по направлению к Чили. В пограничном районе испанцы перехватили груз золота, которое покоренные южные племена послали инкам. Дележ добычи, конечно, только усилил их жажду золота.
Альмагро дошел до 30° ю. ш., но ни золота, ни сокровищ в этом краю не оказалось. В сентябре 1536 года ему пришлось повернуть обратно.
Альмагро вернулся в Перу, когда часть страны охватило восстание, поднятое Манко Капаком. Индейцы полгода осаждали столицу страны Куско, где заперлись с горсткой людей Эрнандо и Гонсало Писарро; третий брат, Хуан, был убит во время вылазки. Перуанцы были уже близки к тому, чтобы взять город штурмом, когда у стен Куско неожиданно появился со своим отрядом Диего де Альмагро. Он разбил наголову войска Манко и снял осаду с Куско.
Сославшись на то, что этот город не подвластен Писарро, Альмагро ввел в него своих солдат. Перевес в силах был на его стороне, и братьям Писарро пришлось сложить оружие. 8 апреля 1537 года Альмагро взял под арест Эрнандо и Гонсало Писарро и объявил себя законным губернатором перуанской столицы.
В это же самое время значительный отряд перуанцев осаждал новую столицу – Лиму, где находился Франсиско Писарро. Все свои корабли он отправил за подкреплениями в Панаму и послал гонцов в недавно построенную крепость Трухильо, где во главе большого гарнизона находился Алонсо де Альварадо. Писарро приказал ему немедленно отправиться в Куско на выручку Эрнандо и Гонсало. Приблизившись к городу, Альварадо с удивлением узнал, что осада с Куско снята и он снова находится в руках испанцев. Не успел Альварадо опомниться, как Альмагро устроил засаду и взял в плен весь его отряд.
Теперь силы Альмагро удвоились, так как к нему охотно присоединились почти все солдаты Альварадо. После этого Альмагро оставалось только двинуться на Лиму, чтобы раз и навсегда покончить с Франсиско Писарро и объединить под своей властью оба губернаторства. Но Альмагро, видимо, испугался далеко идущих последствий своего бунта против «великого маркиза». Так или иначе, вместо того чтобы выступить в поход, он остался в Куско и начал с Писарро переговоры, продолжавшиеся несколько месяцев. Тем временем Гонсало Писарро и Альварадо удалось подкупить стражу и бежать. Едва только последний из его братьев получил свободу, как Писарро, отбросив всякую мысль о мире или перемирии, объявил, что только оружие решит, кто из них – он или Альмагро – будет хозяином в Перу. В короткое время он собрал семьсот человек, начальство над которыми поручил двум своим братьям.