К вечеру, когда десант уже был почти уничтожен, корабли оставались у берегов Евпатории. Спустились сумерки; на море начал разыгрываться шторм. С наступлением темноты налёты прекратились. Штормовой зюйд-вест нагнал большую волну. Катера, чтобы не потеряться в кромешной темноте, выстроились в кильватерную колонну за тральщиком. В течение ночи их несколько раз освещали лучи прожекторов, включавшихся на берегу.
При дневной бомбардировке на тральщике была перебита штуртросовая проводка и управлять им приходилось, пуская двигатели «враздрай». За счет этого изменились его маневровые характеристики. Пока были видны береговые ориентиры, ситуация была терпимой, штурманская прокладка корректировалась, но с наступлением темноты «Взрыватель» потерял ориентировку и маневрировал, не зная точного места. Уточнить место корабля по звездам также не было возможности из-за облачности. Шли только по счислению. Этот метод ведения штурманских прокладок, при изменении волнения скорости ветра и течений, дает достаточно низкую точность в определении местоположения корабля. Не всегда его можно вычислить правильно, даже при аккуратной работе штурмана.
В 21.00 5 января командир тральщика спустился в каюту, но вскоре ощутил сильный скрежет по днищу и толчок. БТЩ сел на мель. Дно в этом районе песчаное, но тральщик из-за ошибки в счислении вылетел на мелководье на полном ходу. Попытки сняться машинами успеха не принесли. Волнами корпус развернуло параллельно берегу. Корабль находился довольно далеко от берега, дно в этом районе песчаное и пологое, а осадка тральщика была из-за принятой через пробоины воды около 3 м. При посадке на грунт корпус, повреждённый во многих местах, дал течь. Фильтрация воды наблюдалась во всех отсеках. Обшивка в кормовой части лопнула. Раненых стали переносить на верхние палубы. В ночь на 6 февраля через катер № 0102 в штаб флота было доложено о положении БТЩ. В Севастополь была отправлена радиограмма: «Корабль сняться с мели не может. Спасите команду и корабль, с рассветом будет поздно». Вскоре вода залила машинные отделения, и тральщик лишился электроэнергии. Все. Ситуация стала безвыходной. Корабль спасти без посторонней помощи было уже невозможно. Но можно было попытаться спасти экипаж и раненых.
Видя безнадёжность положения, командир «Взрывателя» – Виктор Георгиевич Трясцын – приказал уничтожить всю секретную документацию. После совета у военкома все оставшиеся в живых собрались в носовом кубрике. Комиссар приказал командиру отделения минёров Ф. Разуваеву, минёрам И. Лушникову и Н. Смоленкову заминировать тральщик. Моряки «Взрывателя» заняли оборону у иллюминаторов корабля. СКА-081 попытался снять раненых с тральщика, но из-за шторма не смог. Морские охотники принимали решения об уходе в Севастополь самостоятельно.