– 2-й дивизион в составе трех «Декабристов» и четырех «Сталинцев», из которых Д-4 в ремонте на СМЗ (закончен в октябре 1941 г.), Д-5 (во второй линии в ожидании ремонта), Д-6 на ремонте на СМЗ, ремонт завершен не был, лодка затоплена у пирса при оставлении Севастополя). С-31, С-32, С-33 вошли в строй в 1940–1941 гг. С-34 находилась на испытаниях;
– 3-й дивизион в составе Щ-204, Щ-205, Щ-206, Щ-207 (ремонт), Щ-208, Щ-209, Щ-210, плавбаза «Волга»;
– 4-й дивизион насчитывал в своем составе всего одну действующую подводную лодку Щ-211, остальные лодки Щ-212, Щ-213, Щ-214, Щ-215 находились на ремонте в Николаеве.
Обслуживала бригаду плавбаза «Эльбрус».
В районе Главной базы проходила ходовые испытания подводная Щ-216, планируемая в 4-й дивизион 1-й бригады.
Вторая бригада подводных лодок также базировалась на Севастополь. В нее входили:
– 6-й дивизион в составе одной старенькой «импортной» ПЛ А-4, которая находилась в Поти, остальные лодки в это время ремонтировались в Севастополе (А-1, А-2, А-3, А-5);
– 7-й дивизион в составе «малюток» М-31, М-32, М-33, М-34, М-58, М-62 и находящихся в достройке М-59, М-60;
– 8-й дивизион в составе всего двух лодок М-35, М-36.
Обслуживала бригаду плавбаза «Львов».
Для выполнения учебных боевых задач 2-й бригаде подводных лодок во временное оперативное подчинение были приданы эсминец «Незаможник», сторожевой корабль «Шквал» (находившийся в ремонте в Севастополе) и тральщик Т-401 («Трал»).
Первая бригада торпедных катеров базировалась на Севастополь и имела в своем составе 38 боевых и три учебные единицы.
Вторая бригада торпедных катеров базировалась на Очаков и находилась в оперативном подчинении командира Одесской ВМБ. Она имела в своем составе 23 боевых и пять учебных единиц.
Отряд учебных кораблей включал в себя учебный крейсер «Коминтерн» и учебные суда «Нева» и «Днепр».
Охрана водного района Главной базы (Севастополь) включала в себя тральщики Т-404, Т-405, Т-406, Т-407, Т-408, Т-409, Т-410, Т-412, Т-413; мобилизованный незадолго до войны минный заградитель «Островский» (гражданский теплоход «Чайка», мобилизованный в 1940-м); постановщик боновых заграждений «Сетевик» и 14 сторожевых катеров типа МО-4.
На полигоне в Феодосии находились тральщики Севастопольского ОВРа: Т-403, Т-411 и буксир «Джалита».
Одесская военно-морская база включала:
– Отдельный дивизион канонерских лодок в составе «Красная Абхазия», «Красная Грузия», «Красная Армения», «Красный Аджаристан»;
– охрану водного района в составе четырех сторожевых катеров типа МО.
Новороссийская военно-морская база включала: