В январе 1671 г. боярыня Морозова отказалась присутствовать на царской свадьбе, где ей предстояло «в первых стояти и титлу царскую говорити»; она сослалась на болезнь: «ноги ми зело прискорбны, и не могу ни ходити, ни стояти».
Это был прямой вызов, и Алексей Михайлович принял его как личное оскорбление. 16 ноября 1671 г. ее вместе с сестрой арестовали, а через несколько дней повезли на допрос в Чудов монастырь. Именно этот момент изображен на картине В.И. Сурикова: проезд мимо царского дворца.
Ни уговоры, ни соблазны не заставили сестер отказаться от старой веры. Даже мягкий нравом патриарх Питирим озверел и «ревый, яко медведь» закричал: «…яко пса чепию за выю (шею) влачише… отсюду!» Вытаскивали боярыню так, что она сосчитала головой все ступеньки.
Морозову заключили на подворье Псково-Печерского монастыря на Арбате, а Урусову в Алексеевском монастыре на Чертолье. Вскоре схватили и единомышленницу, жену стрелецкого полковника, пытавшуюся бежать на Дон.
В тоске по матушке умер сын Морозовой – Иван, последний отпрыск именитого рода. Руки у царя оказались развязаны: конфисковав все имущество, он «отчины, стада, коней разда болярам… а вещи все – златые и сребряные, и жемчужные – все распродати повеле». Алексей Михайлович разрешил пытать узниц.
Зимним днем 1673 г. на дворе Земского приказа было не протолкнуться. Известие о необычном зрелище разнеслось по всей Москве. Начали с Марии Даниловой – обнажив до пояса и связав сзади руки, ее подвесили на дыбе и сбросили с высоты на землю. Так же поступили и с княгиней Евдокией Урусовой. Морозову с вывернутыми руками полчаса держали на дыбе. После пытки обнаженных женщин бросили на снег, где они и пролежали несколько часов со связанными руками.
Патриарх, разъяренный упорством узниц, приказал сжечь Морозову. Уже поставили сруб на Болоте, осталось лишь получить разрешение у светских властей, но «бояре не потянули». А вскоре узниц перевели в Боровск, под строгий арест. Но стрелецкие сотники, возглавлявшие караул, были подкуплены да и, видимо, сочувствовали несчастным: узниц часто посещали единомышленники, приносили весточки из Пустозерска от Аввакума.
Узнав об этом, власти ужесточили режим. Узниц теперь держали в глубокой земляной тюрьме, запретив давать им пищу и воду. Первой, не выдержав голодной пытки, скончалась Евдокия Урусова. Через полтора месяца умерла Морозова; последней – М. Данилова.
В этот же день до Москвы доскакал гонец с известием о смерти Морозовой. Но когда Алексею Михайловичу доложили об этом, окружающим показалось, что он даже не сразу вспомнил, о ком идет речь.