Изменение позиции госпитальеров удачно подмечено Полем Лакруа: «Кичащийся богатством, отягощенный привилегиями, которые предоставили ему фактически полный суверенитет, орден, в конце концов, был настолько деморализован излишествами и праздностью, что полностью утратил понимание того, для чего он был создан, и посвятил себя жажде наживы и стремлению к удовольствиям. Жажда наживы вскоре вышла за все возможные рамки. Рыцари вели себя так, как будто находились вне досягаемости венценосных особ, они грабили и мародерствовали, не заботясь о том, кому принадлежало имущество: язычникам или христианам».
Множество споров вызывала настойчивость госпитальеров касательно соблюдения права висты. Право висты позволяло ордену входить на борт любого заподозренного в перевозке турецких товаров корабля, а также конфисковывать его груз с последующей перепродажей в Ла-Валлетте. Зачастую экипаж корабля был самым ценным его грузом. Естественно, многие государства объявляли себя жертвами чрезмерного желания госпитальеров конфисковать любой груз, отдаленно (или вымышленно) связанный с турками. Если перевести на современный язык, они попросту занимались морским разбоем.
После того, как госпитальеры окончательно утвердились на острове, они стали вкладывать значительные финансовые средства в развитие и укрепление столицы Мальты. Город был назван Ла Валлетта, в честь великого магистра ордена Ла Валлетта. Рост и умрепление Валлетты начались в 1566 году. Вскоре город стал домашним, удобный портом одного из мощнейших средиземноморских флотов. Госпитали на острове также увеличивались в размере.
Главный госпиталь, слывший одним из лучших в мире, мог вместить около 500 пациентов. Находясь в авангарде медицины, мальтийский госпиталь включал в себя школу анатомии, хирургии и фармацевтики. Ла Валлетта так же имела славу центра культуры и искусства. В 1577 году было завершено строительство храма святого Иоанна крестителя, украшенного работами Караваджо и других авторов. Роспись храма была первым заказом, который получил Караваджо на острове. Именно благодаря этой работе он стал приближен к ордену. И именно с этого момента заканчивается все, что мы знаем об известной, официальной биографии Караваджо, и начинается цепь мистических загадок и обстоятельств, сыгравших самую роковую роль в судьбе великого художника.
Итак, деятельность ордена госпитальеров не всегда была законопослушной, и соответствующей христианским нормам. Если первоначально, при создании ордена, его деятельность исповедовала истинно благие цели, то позже произошло так, как происходило всегда. Облеченные властью, избалованные льготами и избытком денег, госпитальеры стали злоупотреблять властью, превратившись в самых обыкновенных коррупционеров, если перейти на современный язык. Прикрываясь властью, они возвели в ранг доблести грабежи и разбой.