Сколько бы ни существовало версий о гибели Караваджо, в каждой из них существует определенный факт: с орденом госпитальеров у Караваджо все-таки был серьезный конфликт, и в результате этого конфликта художник был вынужден спешно покинуть Мальту. Это факт, и от него следует отталкиваться, рассматривая различные версии, которые, судя по всему, должны строиться на двух неизменных точках: это характер Караваджо и то, во что превратилась деятельность ордена.
Караваджо обладал обостренным чувством своеобразной справедливости. Это было как раз той причиной, по которой он совершил убийство — нелепые, несправедливые обвинения противника во время игры в мяч. Человек с таким характером не смог бы промолчать, увидев, если что-то происходит не так. Так как хитрость и изворотливость были ему совершенно не свойственны, то вполне вероятно, что на свою горячую голову он мог выпалить все обвинения в лицо тому, против кого они выдвигались. А деятельность госпитальеров способствовала тому, что таких обвинений могло быть много — начиная от коррупции и пиратства и заканчивая всеми видами мошенничества и работорговлей. К тому же, моральный облик рыцарей также оставлял желать лучшего.
Рыцари давали обет безбрачия, но давным-давно позабыли про обет целомудрия, позволяя себе посещать все таверны, бордели и даже открыто содержать гаремы для собственных плотских удовольствий; причем гаремы состояли не только из женщин — известно, что на невольничьих рынках Средиземноморья выше женщин ценились миловидные маленькие мальчики. Посещая увеселительные заведения в компании рыцарей, можно было узнать еще больше тайн и неприятных секретов, которые выбалтывались вполне откровенно на нетрезвую голову. Все это способствовало получению информации, причем информации совершенно различного толка.
Существует очень интересная версия, документально подтвержденная в воспоминаниях одного из монахов, оставленных во время пребывания на Мальте под крышей ордена госпитальеров. Это было после завершения строительства храма святого Иоанна Крестителя, а значит, Караваджо уже работал для ордена в полную силу.
Описывая работу многочисленных художественных и ремесленных мастерских, монах упоминает об одной картине, созданной художником-итальянцем, имеющим достаточно дурную славу. Он описывает картину, и в этом описании без труда можно узнать полотно Караваджо «Поцелуй Иуды». Монах писал о том, что эта картина была создана по заказу знатного римского сеньора, который гостил в те годы на Мальте. Полотно было продано за большие деньги, причем все деньги поступили не художнику, а в казну ордена.