Решение об образовании Южного фронта было принято Политбюро ЦК ВКП(б) 21 июня 1941 года. Формирование управления поручалось штабу Московского военного округа. Командующему войсками этого округа генералу армии И.В. Тюленеву, на которого возлагалось командование Южным фронтом, об этом решении стало известно ранним утром 22 июня. 24 июня управление фронтом прибыло в Винницу, где должен был быть развернут его командный пункт на базе командного пункта, построенного еще в 1939 году. Но, как вспоминал И.В. Тюленев, о существовании командного пункта в Виннице его не поставили в известность ни в Генеральном штабе, ни в штабе Киевского Особого военного округа. Узнал он о наличии данного объекта случайно, от начальника инженерных войск фронта. Правда, средств связи здесь не оказалось, и штабу пришлось использовать местные телефонные и телеграфные линии[77].
В состав фронта с 25 июня вошли 9-я, 18-я армии, 9-й особый, 55-й, 7-й стрелковые корпуса, а также части фронтового подчинения. Военно-воздушные силы фронта состояли из пяти авиационных дивизий, которые входили в состав армий. В распоряжении фронта оставались лишь два истребительных и один разведывательный авиационный полки. Управление 18-й армии (командующий генерал-лейтенант А.К. Смирнов) создавалось на базе штаба Харьковского военного округа с включением в ее состав 17-го стрелкового и 16-го механизированного корпусов 12-й армии Юго-Западного фронта.
Таким образом, вновь созданный Южный фронт должен был оборонять полосу шириной около 700 километров от Карпат до устья Дуная, а также участок побережья Черного моря и полуостров Крым. Для этого в распоряжении его командующего было 15 стрелковых, 3 кавалерийских, 6 танковых и 3 моторизованных дивизии. В оперативном подчинении командующего находились Дунайская военная флотилия, Одесская военно-морская база и пограничные отряды НКВД.
Войскам фронта противостояли 7 немецких и 13 румынских пехотных дивизий, 9 румынских бригад, в том числе одна танковая. Командующий группы армий «Юг», учитывая существенное превосходство советских войск в силах и средствах, 24 июня отдал приказ группировке в Румынии готовиться к операции «Мюнхен». В соответствии с планом этой операции германские и румынские войска должны были к 2 июля занять исходное положение и с утра следующего дня начать наступление с целью сковать противостоящие советские войска боем, а при возможности и углубиться на советскую территорию.
По генеральному плану операции группы армий «Юг» фельдмаршала Рундштедта, главный удар должен был наноситься в направлении на Язы и Бельцы, а второй удар – на Могилев-Подольский. В дальнейшем обе ударные группировки должны были общими усилиями наступать на Винницу для соединения с 17-й армией, наступавшей из района Львова.