Управления федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации наделены полномочиями по контролю и надзору за соблюдением законодательства Российской Федерации о налогах и сборах на территории соответствующего субъекта Российской Федерации, полнотой и своевременностью внесения в бюджетную систему соответствующих территорий налогов и сборов.
Управления подотчетны ФНС России и информируют ее о результатах налогового администрирования на территории соответствующего субъекта Российской Федерации. Руководитель управления назначается на должность и освобождается от должности Министром финансов Российской Федерации по представлению руководителя ФНС
России. Руководитель представляет на утверждение в ФНС России структуру управления. Управление – вышестоящий территориальный налоговый орган в соответствующем субъекте Российской Федерации по отношению к инспекциям по городам, районам и районам городов, а также инспекциям межрайонного уровня.
Между всеми налоговыми органами существуют взаимоотношения, определенные Закона о налоговых органах Российской Федерации (в ред. Федеральных законов с изменениями и дополнениями, в том числе Законом от 27 июля 2006 г. № 137-ФЗ) и постановлением Правительства РФ от 30 сентября 2004 г. № 506 «Об утверждении Положения о Федеральной налоговой службе». Основной принцип таких взаимоотношений – вертикальная подотчетность, т. е. непосредственно центральному аппарату подотчетны налоговые органы второго уровня: УФНС России по субъектам Российской Федерации и межрегиональные инспекции; сответственно налоговым органам второго уровня подотчетны ИФНС России по городам, районам и городам без районного деления, а также инспекции межрайонного уровня. При этом между налоговыми органами существует четкое распределение функций.
Таким образом, каждый налоговый орган подчиняется непосредственно своему вышестоящему территориальному налоговому органу и соответственно ФНС России. Вертикальная подотчетность обусловливает порядок обмена информацией, взаимодействие и применение единых стандартизированных требований при осуществлении налогового администрирования. Поскольку ФНС России – вышестоящий налоговый орган, то ее указания относительно применения налогового законодательства подлежат обязательному исполнению всеми территориальными налоговыми органами.
Каждый налоговый орган – самостоятельное юридическое лицо, имеет свою смету, на основе которой выделяются средства из федерального бюджета на его содержание, текущий счет в банке, печать. Как юридическое лицо каждый налоговый орган вправе выступать в суде истцом и быть ответчиком.