Во 2-м тыс. до н. э. острова заселили племена, создавшие высокую культуру бронзового века. Она получила название минойской – по имени царя Миноса. Союз этих племен образовал сильную морскую державу, которая со временем подчинила себе весь Эгейский бассейн и даже материковую часть Греции. Многочисленные рабы этого государства возвели города с огромными роскошными дворцами, украшенными фресками, мозаикой и лепкой. Широко известен находившийся на острове Крит Кносский дворец царя Миноса. Сложный план этого дворца позднее нашел отражение в мифологии древних греков, придумавших знаменитый лабиринт – убежище чудовища Минотавра. Именно в это время были созданы высокохудожественные дворцовые росписи, скульптуры, вазы и другие произведения искусства, прославившие минойскую культуру.
Около 1400 г. до н. э. случилось непоправимое: остров Стронгили был разрушен сильнейшим извержением Санторина. Взрывом, сопровождавшим это извержение, была снесена центральная часть острова, и на ее месте возникла гигантская (поперечником 11 км, глубиной до 300 м ниже уровня моря) кальдера, в которую проникло море. По окружности кальдеры остались лишь отдельные фрагменты острова Стронгили, получившие названия островов Тира, Тирасия и Аспрониси. Долгое время внутри кальдеры происходили подводные извержения, а в 197 г. до н. э. здесь возник небольшой островок Каймени, расположенный над каналом вулкана. Мелкие извержения здесь происходят и сегодня.
Ученые считают, что взрыв Санторина был наиболее грандиозной вулканической катастрофой из всех, происшедших за историческое время (напомним, что близкий по мощности взрыв индонезийского вулкана Тамбора в 1815 г. создал кратер диаметром всего 6,5 км). Силой взрыва обломки Санторина были разбросаны на большие расстояния. Из жерла вулкана изверглось огромное количество пепла, который покрыл разрушенный остров слоем более 30 м. Выброшенный в воздух пепел был разнесен ветрами на площадь поперечником до 700 км. Он выпал также слоем различной толщины на многих островах Греческого архипелага. Этот пепел и обнаружила шведская экспедиция в верхних горизонтах осадков окружающих архипелаг морей. Последствия взрыва оказались ужасными. Поселения в центральной части острова Стронгили провалились в образовавшуюся кальдеру, а те, что на отдалении, были засыпаны пеплом. Воздушные волны, землетрясения и цунами, связанные с извержением, разрушили города и поселения минойцев на острове Крит и других клочках суши в Средиземном море. Облако вулканических газов, смешанных с пеплом, окутало Греческий архипелаг, погубило значительную часть населения, сожгло растительность и уничтожило урожай.