Краинский неизменно оставался верным памяти «величайшего в своих поступках и благороднейшего по своим идеалам Русского Монарха» (около 10 лет он состоял членом правления Общества памяти Государя Императора Николая II). Однако в знак протеста против удаления из числа членов Общества Н. П. Рклицкого (будущего епископа Никона) и других разногласий Н. В. Краинский выходит из числа членов правления.
Он постоянно публикуется в эмигрантской периодике (в «Царском вестнике», «Военном журналисте» и др.). Многие его статьи, такие как: «Тризна по русской культуре», «Над могилой Великой России», «Техника непротивления злу в борьбе с революцией», «Грядущий суд», «Палачи Добровольческой армии», «Бредовые идеи смутного времени» и многие другие неизменно вызывали бурную реакцию читателя.
В 1938 году в Белграде выходит брошюра Краинского под названием «Кто погубил Россию», а на следующий год - статья (и брошюра) «Вожди и заветы».
Как воин, офицер, много внимания он уделяет изучению поведения на войне («Военный экстаз и прострация как факторы боевых операций» (1940), «Психика и техника как факторы войны» и другие).
В 1941 году Н. В. Краинский - заведующий русскими учебными заведениями в Сербии, а с октября 1941 года - заведующий учебной частью Русско-сербской гимназии в Белграде.
При немецкой оккупации Югославии в конце 1943 года Николай Васильевич был отчислен из Белградского университета. В это время его дочь, В. Н. Краинская-Игнатова, профессор судебной медицины, была вывезена немцами вместе с семьей из Харькова в Германию. Краинский добивается разрешения и переезжает в Берлин для воссоединения с семьей. Здесь он занимается обработкой своего последнего научного труда «Основы естествознания в связи с теорией нервнопсихического процесса».
После взятия Берлина Николай Васильевич вместе с семьей дочери находится в лагере во Франкфурте-на-Одере, где его зачисляют консультантом по нервным и душевным болезням в советский госпиталь.
Современный историк психиатрии И. И. Щиголев вполне резонно высказывает удивление: «До сего времени пока неизвестно, как мог уцелеть в расстрельные годы такой ярый антиреволюционер, как психиатр профессор Н. В. Краинский».
На этот вопрос отчасти отвечает сам Николай Васильевич в своей автобиографии. Ниже мы снова излагаем его версию дальнейших событий со своими дополнениями.
В августе 1945 года Краинский подает ходатайство о получении советского гражданства, а в сентябре 1945 года пишет письмо И. В. Сталину с просьбой разрешить возвратиться на Родину и предоставить ему возможность закончить свой научный труд. Такое разрешение было «благосклонно дано» 1 февраля 1947 года. По дороге на Родину, в Гродно, Н. В. Краинский был приглашен на работу в качестве консультанта санчасти, где проработал до 25 апреля 1947 года. 2 мая 1947 года он с семьей дочери прибыл в Харьков.