Увлекаясь театральными представлениями, царь принимал и государственные решения. 1 сентября 1674 года в Успенском соборе он объявил своим наследником достигшего совершеннолетия царевича Федора.
Царь был не стар, но из-за тучности его здоровье было расстроено и подготовило ему, как пишет Ключевский, преждевременную смерть. 28 января 1676 года он благословил на царствие сына Федора, поручил царевича Петра, рожденного 30 мая 1672 года, деду – Кириллу Нарышкину вместе с князем Петром Прозоровским, Федором Головиным и Гаврилой Головиным, приказал выпустить из тюрем всех узников, освободить всех сосланных и 29 января 1676 года умер.
Царь Федор Алексеевич прожил всего 21 год, и поэтому его правление не оставило большого следа в истории России. После его смерти на престол был избран самый младший сын Алексея Михайловича – девятилетний Петр, который в последствии стал самой заметной фигурой на русском престоле.
Царевна Софья, поддержанная стрельцами, добилась, чтобы на русский престол был избран еще один царевич – Иван Алексеевич. И на русском соборе это решение протащили. Таким образом, на царском троне оказались два брата-царя – Петр Алексеевич и Иван Алексеевич. Но ввиду того, что они были малолетними, на время их взросления было принято предложение стрельцов избрать правительницей России их старшую 23-летнюю сестру Софью, которая «отличалась от других замечательным умом и способностями».
По свидетельству князя Б. И. Куракина: «правление царевны Софьи Алексеевны началось со всякой прилежностью и правосудием всем и к удовольствию народному, так что никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было; и всё государство пришло во время её правления через семь лет в цвет великого богатства, так же умножилась коммерция и всякие ремесла, и науки почали быть восставлять латинского и греческого языку. И торжествовала тогда довольность народная».
Стрельцам по решению Софьи была добавлена зарплата. По их требованию на Красной площади был сооружен столп с указанием имен «побитых злодеев», участвующих в убийстве, были выданы специальные охранные грамоты. Стрельцы, осмелев, выдвинули ещё одно требование – стоять за старую веру. Среди бояр и народа произошло раздвоение: были люди за старую веру и были люди за новую веру (исправленные книги по вероучению). Борясь между собой они распускали различные выгодные сплетни по Москве, чтоб будоражить народ, в том числе, и о намерении убить государей, царицу Наталью, царевну Софью, патриарха и архиереев. Софья с царским семейством находилась в то время в Коломенском монастыре и вынуждена была переехать в охраняемый монастырь Саввы Сторожевского. Она разослала по городам грамоту, оповещая народ, что стрельцы произвели мятеж и убийства. В конце концов, Петр, заявив брату Ивану о своем старшинстве, приказал Софье покинуть Кремль и уйти в Новодевичий монастырь, взяв с собой 12 человек обслуги. Из дворца ей ежедневно отпускали продукты питания. Софье разрешалось свободно ходить внутри территории монастыря, принимать посетителей.