По возвращении Михаил устроился разнорабочим в Эрмитаж, понимая, что нужно продолжать художественное образование, а его можно было получить только копируя старых мастеров, изучая их технологию. «Мои университеты продолжались пять лет, – вспоминает Шемякин. – Отдышусь после работы, вымою руки, возьму свой холст и до самого закрытия Эрмитажа копирую старых голландцев, Пуссена и Делакруа». Здесь же на выставке картин работников музея в 1964 г. были показаны его работы – скандал получился грандиозный: через три дня экспозицию закрыли, а директора Эрмитажа сняли с должности.
С 1965 по 1967 г. художник выставляется в различных учреждениях Ленинграда и Новосибирска, а с 1969-го – и за рубежом. В 1971 г. его работы на выставке «Санкт-Петербург-71», открытой в галерее искусствоведа мадам Дины Верни в Париже, имели невероятный успех. Но очень скоро Шемякин был арестован и поставлен перед выбором: тюрьма, сумасшедший дом или немедленный и бесшумный отъезд из страны. О том, что сын изгоняется навсегда, не знали даже родители Миши, а с отцом он так больше и не увиделся – Михаил Петрович умер в 1976 г.
В 1971 г. Михаил Михайлович уехал в Париж вместе с женой Ребеккой Модлен, художницей-графиком, и дочерью Деборой. Он покинул Советский Союз (а точнее, Союз выкинул его) уже вполне творчески сформировавшейся личностью. Становление собственного стиля Шемякина происходило под влиянием, с одной стороны, петербургского модернизма и петроградского авангарда, эстетики мастеров «Мира искусства», а с другой – основоположника «аналитического» направления в живописи П.Н. Филонова. Сквозной темой художественной практики Шемякина, соединившей в себе черты символизма и сюрреализма, стал карнавал, космически всеобъемлющий маскарад, лихой и зловещий – с маской Смерти, или Бренности, как центрального символа пестрого хоровода фантастических фигур. По меткому определению писателя В. Соловьева, художник подобного склада в процессе творения «спускает с привязи свое подсознание…»
Шемякин работает многолетними циклами, в разных техниках, повторяя и пародируя сам себя – серия литографий «Чрево Парижа» (1977 г.), графическо-скульптурные серии «Карнавалы Санкт-Петербурга» (1970 – 1980 гг.), «Метафизическая голова» (1980 – 1990 гг.), огромная серия «Коконы» (1990 – 2000 гг.), на вопрос о которой: «Что это – еще живопись или уже скульптура?» – Шемякин отвечает: «Вот именно».
Графическая часть «Карнавалов» впервые была показана в 1974 г. в Париже и принесла Михаилу мировую славу. Там же он не раз устраивал коллективные экспозиции русского «неофициального искусства» (андеграунда), в частности, организовал вместе с коллекционером А.А. Глезером выставку «Современная русская живопись» (1976 г.), издал альманах «Аполлон-77», объединивший многих писателей и художников-нонконформистов России (1977 г.).