В детские годы будущий художник любил уединяться на пустынном Зеленом острове под Саратовом: «В детстве он был для меня чуть ли не «таинственный остров», – писал он в своем дневнике. – Я знал только один ближайший его берег… Там никто не мешал мне делать первые, робкие опыты с палитрой».
В 1884 г. мальчика отдали в Саратовское реальное училище. Учеба мало его интересовала: по всем предметам у него были двойки «с дробями», и только по рисованию – единственная пятерка. Видя большую художественную одаренность ученика, его учителя – сначала Ф.А. Васильев, а потом В.В. Коновалов – настоятельно советовали ему учиться живописи в столице. И в 1890 г. Мусатов поступает в Московское училище живописи, ваяния и зодчества.
В Москву начинающий художник привез свои первые работы, одна из которых – этюд с изображением плотины у дедовой мельницы, представленная им на ученической выставке, – к немалому удивлению самого автора, сразу же была продана за 20 рублей. Окрыленный успехом юноша с удвоенным старанием взялся за учебу. Но удовлетворения от занятий не получал и через год поступил в Петербургскую академию художеств. Здесь, в дополнение к занятиям, он посещает частную мастерскую профессора П.П. Чистякова. Этот замечательный педагог, которого одни считали чудаком, а другие – мудрецом, многое дал своему талантливому ученику. Его система обучения, помимо уроков рисунка и живописи, включала нравственное воспитание художников. Большое внимание он уделял и технике живописи, говоря им о том, что «без нее вы никогда не сумеете рассказать людям свои мечтания, свои переживания, увиденную вами красоту…»
Но в 1893 г., после второй операции, Борисов-Мусатов вынужден был из-за сырого петербургского климата вернуться в Москву. Здесь, на ученической выставке, он представил пять своих работ, ставших результатом его учебы у Чистякова. Все они были отмечены выдающимся мастером пейзажа В.Д. Поленовым, а написанная в 1894 г. картина «Майские цветы» приобретена Ее Высочеством Елизаветой Федоровной. Сделанные на пленэре полотна были наполнены светом и движением. Особенно отчетливо это проявилось в «Майских цветах», где изображены играющие среди цветущего сада две девочки. Характеризуя картину, один из исследователей творчества художника Я. Тугендхольд писал: «Мусатова привлекали не девочки на фоне яблонь, но и девочки и яблони, одинаково ставшие майскими цветами, красочными арабесками, весенними пятнами. Это и есть подход к миру – декоративный». Сам же художник в это время делает для себя важное открытие: «Весь мир кажется мне разложенным на спектр. Любуясь им, я слепну от разнообразия красок».