Хотя в XVII веке англичанин Роберт Бойль использовал понятие атомов в своей работе по химии, а Ньютон подразумевал их в работах по физике и оптике, по-настоящему атомы стали частью научной мысли лишь в конце XVIII века, когда французский химик Антуан Лавуазье провел изучение причин горения. Лавуазье открыл множество настоящих элементов, чистых химических веществ, которые не могут быть разделены на другие химические вещества, и понял, что горение представляет собой процесс, в котором кислород из воздуха соединяется с другими элементами. В первые годы XIX столетия Джон Дальтон закрепил за атомами место в химии. Он утверждал, что вещество состоит из атомов, которые сами по себе делимы. При этом все атомы одного элемента идентичны, однако различные элементы состоят из различных атомов (по форме или размеру), при этом атомы не могут быть созданы или разрушены, но лишь реорганизованы посредством химических реакций. А химическая структура, включающая в себя два элемента и более, состоит из молекул, которые, в свою очередь, состоят из небольшого фиксированного числа атомов от каждого из элементов структуры. Таким образом два столетия назад концепция атомного строения материи получила жизнь в той форме, как она преподносится в учебниках сегодня.
И все же в XIX веке эта идея получала одобрение со стороны химиков весьма медленно. Жозеф Гей-Люссак провел эксперимент, показав, что если соединить два газообразных вещества, то необходимый объем одного газа всегда будет пропорционален объему другого. Если получившаяся смесь также представляет собой газ, то ее объем тоже находится в прямой зависимости от объемов двух других. Это согласуется с идеей о том, что каждая молекула смеси состоит из одного или двух атомов одного газа и нескольких атомов другого. В 1811 году это наблюдение использовал итальянец Амедео Авогадро, который выдвинул знаменитую гипотезу, утверждающую, что вне зависимости от химической природы газа при любой постоянной температуре и давлении равные объемы газа содержат одинаковое число молекул. Чуть позже гипотеза Авогадро была подтверждена экспериментально. Было доказано, что каждый литр газа при температуре 0 градусов Цельсия и давлении в одну атмосферу содержит около 27 000 миллиардов миллиардов (27 × 10>21) молекул. Но лишь в 1850-х годах соотечественник Авогадро Станислао Канниццаро развил эту идею настолько, что химики стали воспринимать ее всерьез. Впрочем, еще в 1890-х годах было очень много химиков, отвергавших идеи Дальтона и Авогадро. Однако тогда их обогнало развитие физики – шотландец Джеймс Клерк Максвелл и австриец Людвиг Больцман, используя концепцию атомов, детально объяснили поведение газов.