Устойчивые дипломатические отношения между Россией и Запорожской Сечью стали складываться с середины XVII в. До 1648 г. Запорожская Сечь существовала достаточно самостоятельно и представляла собой базу для борьбы южно-русского населения против польско-литовского угнетения. Однако с момента образования Гетманщины роль Сечи в таком сопротивлении снижается. После Переяславской рады 1654 г. Запорожская Сечь была признана одним из казачьих войск России и стала получать официальное жалование от царя. Сечь стала обладать широкой автономией в рамках Гетманщины и напрямую подчиняться малороссийскому гетману. Сохранялась и традиционная система самоуправления запорожцев, а также расширилась северная территория войска до рек Самары и Орели[228]. Такие условия позволяли запорожцам противостоять усилению власти малороссийского гетмана, претендовавшего на управление самой Запорожской Сечью.
В Запорожскую Сечь продолжали бежать недовольные своим положением разные слои населения Украины. Таким образом, в Сечи продолжали накапливаться силы, позволившие запорожцам играть особую роль в период так называемой Руины, которая по своей сути являлась гражданской войной на территории Малороссии (Гетманщины) с 1657 по 1687 гг. Так, в 1657 году запорожцы во главе с кошевым атаманом Я. Барабашем подняли восстание из-за того, что они не были приглашены на раду, избравшую гетманом И. Выговского. Запорожская Сечь с этого момента усилила свою обособленность, сохраняя статус военно-государственного образования. Российское правительство поддержало это восстание, благодаря чему, опираясь на поддержку Москвы, Запорожской Сечи и простого народа, гетманом Левобережной Украины стал И. Брюховецкий[229]. В Запорожье находили поддержку и другие украинские лидеры, например, П. Суховеенко (Суховей), отстаивавший идею подчинения Украины Крымскому ханству, и П. Иваненко (Петрик), который, опираясь на Крым, стремился к независимости Казацкого государства (Украины).
Следующий этап в истории Запорожской Сечи ознаменовало Андрусовское перемирие 1667 года между Россией и Речью Посполитой. По условиям этого перемирия над Сечью устанавливался совместный протекторат, договаривавшихся стран – России и Речи Посполитой[230]. Это позволило Запорожской Сечи сохранять обособленный военно-государственный статус. Такое условие ярко характеризует природу Запорожской Сечи, которая могла опираться на разные страны для сохранения своей самостоятельности. Взаимодействия Сечи и Польши мешали подчинению запорожцев России. Так, например, гетман Самойлович упрекал запорожцев «за недоставку ему польских инструкций, присланных в Сечу»