Достоверно же известно, что в XIV в. появилось несколько крупных общин, которые располагались в центральной Евразии, возле крупных рек, служивших торговыми путями своего времени: Днепра, Дона, Волги, Яика. К этим сообществам переселялись в заметном количестве люди из расположенных по соседству северных и северо-западных земель. В первую очередь, из Московского, Литовского и Рязанского Великих княжеств. Таким образом, к XVI в. сформировались самые крупные Запорожское и Донское казачьи войска, которые со временем вобрало в себя растущее Российское государство. Впоследствии на основе этих войск создавались другие казачьи войска по инициативе самой России.
Несмотря на это, вопрос о происхождении казачества имеет важное значение для настоящего исследования, так как рассмотрение этого вопроса позволит нам установить возможное существование преемственности казачьей системы самоуправления, а, в первую очередь, преемственности системы самоуправления Запорожской Сечи от этноса или этносов, которые могли быть прародителями казачества или установить отсутствие такой преемственности, что также немаловажно. А полученные результаты позволят или, наоборот, не позволят сделать выводы о гибкости запорожской системы самоуправления, о ее живучести, способности к адаптации в новых условиях существования и т. п. Кроме того, это, возможно, даст повод по новому взглянуть на систему самоуправления Запорожской Сечи и казачества в целом, изменить сложившееся отношение к этому вопросу, объяснить некоторые стороны взаимоотношений Запорожской Сечи с правительством России и других стран.
Анализ работ посвященных историографии вопроса о происхождении казачества позволяет нам выявить основные группы теорий о происхождении казачества. По мнению А. В. Сопова[19], господствующими в настоящее время в общественном представлении и в научной литературе можно считать две противоположные теории происхождения казачества: «казенную» и теорию представителей «казачьей науки» и «вольноказачьего движения»[20]. Им выделяется и довольно большое количество «промежуточных» теорий. По мнению же В. Е. Шамбарова[21], в начале ХХ в. сформировались основные теории происхождения казачества – «автохтонная» и «миграционная», хотя обе эти теории обоснованно им критикуются.
«Казенная» теория обязана своим названием меткому выражению И. Яковенко[22], хотя имеет и другие варианты названия: «уходническая», «беглохолопская» и т. п. Эта теория связывает возникновение казачества с беглецами из русских земель в Дикое поле. Усиление феодальной эксплуатации в России и Речи Посполитой, по мнению авторов «казенной» теории, породило особую организацию – казачество, выросшую из беглецов, главным образом крестьян и холопов, которыми эта организация постоянно подпитывалась. Таким образом, «казенная» теория рассматривает казачество как бесспорно русскую или украинскую по своему происхождению группу населения. Стремившиеся к вольной жизни, люди в новых для них условиях опасной пограничной жизни, связанной с постоянной опасностью набегов кочевников, смогли выработать особые черты своих сообществ: общинный быт, военная организация, система самоуправления и др. Следует также заметить, что данная точка зрения является наиболее распространенной в среде не связанного с казачеством населения, ввиду господства «казенной» теории в советской историографии.