Как уже говорилось выше, по директиве наркома ВМФ на всех флотах надлежало разработать оперативные планы. 5 апреля 1941 г. нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов утвердил представленные Военным советом КБФ оперативный план и план прикрытия. Военный совет КБФ при разработке плана исходил из тех соображений, что основным операционным направлением в случае войны станет южная часть Балтийского моря и Финский залив. Предполагался захват противником островов Моонзундского архипелага и овладение Ригой и Таллином. Учитывая выгодное, нависающее положение Финляндии над побережьем Эстонии, Военный Совет флота полагал, что противник сможет развернуть активные боевые действия на коммуникации Кронштадт-Таллин-Ханко. Возможность захвата островов Моонзунда и прорыва немецкого ВМФ в Финский залив вызывали особую озабоченность командования КБФ, поэтому оно подчеркивало, что главнейшей задачей флота на первые 10–12 дней войны является недопущение прорыва немецкого флота в Финский залив, Рижский залив и высадки на острова Моонзундского архипелага. Выполнение этой задачи мыслилось путем организации разведки, корабельных дозоров и наблюдения за морем. Авиация КБФ должна была систематически наносить бомбовые удары по войскам десанта, кораблям и транспортным средствам противника в пунктах их сосредоточения[2386].
Создание целого ряда минно-артиллерийских позиций – в устье Финского залива (Центральная минная позиция), в Ирбенском проливе, Соэлозунде, в районе Либавы и на рубеже Нарген-Порккалаудд (Тыловая минная позиция) – должно было обеспечить необходимые условия для боя с флотом противника. А в дальнейшем, Балтийскому флоту предстояло захватить остров Оланд, высадив на него 2 стрелковые дивизии. Также, планировалось затруднить действия противника постановкой с подводных минных заградителей минных банок на подходах к портам и базам противника, а морской авиацией – выставить мины на внутренних фарватерах[2387].
В рамках подготовки операции на Центральной минно-артиллерийской позиции, 10 января 1941 г. Военный Совет КБФ утвердил разработанное в Штабе флота «Наставление на оборону устья Финского залива»[2388]. Также Штабом КБФ были разработаны отдельные наставления для действий Отряда легких сил КБФ для ведения боя на Центральной минно-артиллерийской позиции от 2 марта 1941 года[2389], а также для действий частей Северной и Южной сковывающих групп флота при бое на Центральной минно-артиллерийской позиции от 1 марта 1941 года[2390].
В случае обнаружения основных сил германского ВМФ (линкоров, крейсеров) в средней и северной части Балтийского моря, предполагалось произвести по ним предварительные удары частью сил флота во взаимодействии с авиацией Прибалтийского особого военного округа. Главный удар, с целью уничтожения ВМС неприятеля (и в первую очередь, линкоров, крейсеров и транспортов с десантом), требовалось нанести основными силами КБФ на минно-артиллерийских позициях. При попытке противника высадить десант ещё до момента создания минно-артиллерийских позиций, следовало произвести главный удар всеми силами флота и войск ПрибОВО непосредственно в районе высадки. С целью упреждения противника в его действиях на море, Военный совет КБФ полагал необходимым провести еще до объявления войны перевозку стрелковой дивизии из Таллина на п-ов Ханко, а также выставление минных заграждений первой очереди в устье Финского залива, в Ирбенском проливе, у Лиепаи и Ханко