Говоря о причинах многочисленных недостатков в БП на флоте, правильным будет отметить, что их причиной являлись отнюдь не одни массовые репрессии среди командно-начальствующего состава КБФ в 1937–1938 годах, как об этом часто говорится в литературе. На самом деле, ситуация выглядела значительно сложнее. Причина низкого уровня БП флота крылась всё же в неправильной организации самого процесса боевой учебы соединений флота, а также в недостаточной оперативно-тактической, морской и технической подготовке части командно-начальствующего состава КБФ. Зачастую командиры достаточно формально относились к выполнению задач по проведению боевой подготовки во вверенных им соединениях, частях и кораблях и слабо контролировали учебу личного состава. Отрицательное влияние оказывало также упрощенчество и условность при постановке командованием флота задач на оперативных играх, отрядных и тактических учениях, маневрах флота. В итоге, результаты большинства учебно-практических мероприятий не давали объективной картины реального положения с БП на флоте и создавали иллюзию сравнительного благополучия в этой области.
Определенный шанс исправить создавшееся положение был предоставлен Краснознаменному Балтийскому флоту (как и всему Военно-Морскому Флоту в целом) после окончания войны с Финляндией зимой 1939–1940 годов. Советско-финляндская война вскрыла значительные недостатки в системе управления и боевой подготовки Военно-Морского Флота. Чтобы извлечь необходимый опыт из прошедших военных действий, сразу же по окончании войны было проведено расширенное совещание командно-начальствующего состава КБФ. На мартовском совещании 1940 г. в Ленинграде командиры получили редкую возможность высказать свои соображения о причинах наших неудач в советско-финляндской войне. Выступления участников совещания носили, как правило, откровенный и критический характер и содержали в себе немало ценных предложений относительно улучшения общей ситуации на флоте. Народный комиссар ВМФ призывал как можно скорее внедрять боевой опыт в повседневную практику флотов и с этой целью провёл целую серию заседаний Главного военного совета ВМФ, где рассматривались различные аспекты боевого применения флотов в войне с Финляндией. По итогам совещаний были сделаны в целом правильные выводы об изменении плана боевой подготовки Военно-Морского Флота в мирное время и разработке новых уставов и наставлений о деятельности флота.
Краснознаменный Балтийский флот в 1940-м году оказался в крайне сложном положении. С одной стороны, перед командованием КБФ стояла задача как можно быстрее учесть уроки советско-финляндской войны и использовать их в процессе боевой подготовки. Но с другой стороны, Балтийский флот летом 1940 г. оказался в сложной ситуации, когда ему пришлось спешно осваивать полученные новые территории в Прибалтике и усиленно заниматься там оборонительным строительством. Командованию КБФ неизбежно приходилось уделять большое внимание вопросам обустройства в новых базах, явно в ущерб боевой подготовке флота. В силу этого обстоятельства, боевая подготовка на флоте оказалась запущенной, что привело к неудовлетворительным результатам к концу 1940-го года. В итоге, когда в декабре 1940 г. нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов стал подводить итоги боевой подготовки флотов за год, выяснилось, что на КБФ имеются очень большие недостатки в боевой подготовке соединений флота.