В период с сентября 1939 года по июнь 1940 года Краснознаменный Балтийский флот являлся важным фактором в деле укрепления обороноспособности северо-западных рубежей Советского Союза. Причем, высшее партийное и военное руководство широко использовало КБФ в качестве удобного инструмента для достижения своих политических целей, причем весьма успешно. Например, действия Балтийского флота в сентябре 1939-го и в июне 1940-го годов помогли быстро решить проблему политического подчинения, а затем и прямого присоединения республик Прибалтики к Советскому Союзу. В ходе этих внешнеполитических акций Краснознаменный Балтийский флот не применял оружия, но проводил операции по поиску подлодок, перевозке десанта и блокаде неприятельского побережья.
В случае с Финляндией ситуация оказалась совершенно иной и здесь Советскому ВМФ пришлось применить военную силу. В целом, война на море с Финляндией зимой 1939–1940 годов дала Советскому ВМФ в преддверии большой войны весьма ценный боевой опыт, который до этого отсутствовал. И хотя опыт боевых действий носил ограниченный и немного односторонний характер (каких-либо боевых столкновений с финским ВМФ не было), недооценивать его было ни в коем случае нельзя. Во-первых, война показала важность отработки в мирное время артиллерийских стрельб кораблей по береговым целям. Во-вторых, подводные лодки получили опыт блокадных действий против судоходства неприятеля. В-третьих, была продемонстрирована эффективность действий морской пехоты в прибрежных районах. В-четвертых, морская авиация получила практику бомбардировочных действий по портам и судам противника в море, а также впервые осуществила минные постановки с воздуха. В процессе боевых действий обнаружилось немало серьезных недостатков в боевом управлении, организации разведки, боевой подготовке личного состава КБФ, на необходимость устранения которых обратило внимание руководство Наркомата ВМФ и Главного морского штаба ВМФ.
Опыт войны с Финляндией оказался весьма полезным для дальнейшего развития Советского ВМФ в предвоенный период. Выводы, сделанные из уроков этой войны, во-первых, были учтены в плане улучшения боевой подготовки флотов, во-вторых, в области усовершенствования вооружения и технического оснащения ВМФ, и, в-третьих, в области военно-теоретического творчества. По итогам войны было разработано и внедрено в повседневную деятельность Военно-Морского Флота несколько важных наставлений, которые помогли повысить боеспособность отечественного флота в преддверии начала Великой Отечественной войны. В то же время, далеко не всё полезное удалось внедрить в практику деятельности флотов в силу нехватки времени.