Эсэсовские зенитчики снова отличились 11 сентября. В это время итальянская авиация из Северной Италии, Сардинии и Корсики начала перелетать на Сицилию и сдаваться союзникам. Над Бонифачо пролетела эскадрилья бомбардировщиков «Cant Z1007 bis» и расчеты легких взводов 2-й и 3-й батарей открыли по ним огонь из 20-мм зениток. Пять самолетов были сразу же подбиты и охваченные пламенем рухнули в море, а вскоре был сбит и шестой. Остальные бомбардировщики рассеялись в воздухе.
Как только Италия вышла из войны, и так слабая дисциплина во многих итальянских частях корсиканского гарнизона рухнула окончательно. Эсэсовец Йозеф Кёк вспоминал: «Когда итальянцы разорвали свой союз с Германией в сентябре 1943 года, многие итальянские солдаты побросали оружие, напились вина и праздновали без конца». Зато вместо итальянцев тут же активизировались французские партизаны, к которым перешла местная французская жандармерия. Итальянские войска оказались нейтрализованными приказами и на местах нередко склонялись на сторону маки. Зная это, своей целью повстанцы избрали немцев. 9 сентября французские жандармы организовали засаду, куда угодила колонна, в которой ехал фон Зенгер, в результате была потеряна головная машина. В этот же день поднялось восстание в Аяччо, и город, где немцев практически не было, перешел под контроль сопротивления. Затем, 10 сентября маки попробовали поднять восстание в Сартене, где квартировали подразделения бригады. Возглавлял восстание местный священник, размахивающий французским флагом, а повстанцы были вооружены американскими автоматами и пулеметами. Они атаковали места расквартирования эсэсовцев, однако немцы не растерялись и дали решительный отпор, подавив восстание. Также партизанами были атакованы склады бригады в Куэнце и Гизоначчи. Из-за активности маки передвижение по дорогам для немцев было сильно затруднено, а вскоре центральная и западная части Корсики вообще стали для них недоступны.
Тем временем, на Корсику начали прибывать части 2-го авиационного командования, перебрасываемые из Сардинии, под командованием решительного оберста Хубертуса Хичхольда - «сборная солянка» из истребительных, штурмовых, бомбардировочных и транспортных групп и штаффелей, разной силы и боеспособности.
11 сентября Мальи под давлением фон Зенгера согласился отвести итальянские войска в центр острова, дабы избежать столкновений, и усилить береговые батареи немецким персоналом, однако ответил отказом на требование о передачи Бастии (контроль над которой был для немцев критически важен во всех смыслах) и нескольких других пунктов под немецкое управление. После этого «стало ясно, что обстановку в Бастии можно нормализовать только с помощью оружия». Вывод был достаточно смелым, так как немцы не имели сил для разоружения всех итальянских войск, не говоря уже о подавлении партизанского движения, и о взятии под контроль всей Корсики, которую они, тем не менее, планировали оборонять. Дело в том, что переброска 90-й панцер-гренадерской дивизии несколько затягивалась, так как для этого имелось всего лишь пять паромов, а войска фон Зенгера были сосредоточены на юге, и частично распылены вдоль восточного побережья. Из-за этого фон Зенгер должен был юлить, изворачиваться и хитрить перед итальянцами, убеждая их в том, что немцы не намерены задерживаться на Корсике и планируют оставить остров, так же как и Сардинию, при этом подтягивая к Бастии подразделения штурмовой бригады СС, для удара. Одновременно фон Зенгер распорядился вывести из Бастии все немецкие части, чтобы избежать возможного столкновения (управление морского транспорта передислоцировалось в Порто-Веккьо).