Однако менее разрекламированным «скелетом в космическом шкафу» было то, что ученые называют «электромагнитным оружием» (ЭМИ). В своем простейшем виде, это был эффект, вызываемый взаимодействием с атмосферой гамма-лучей, возникающий после ядерного взрыва в космосе. Ученые установили, что электромагнитный импульс достаточной мощности способен уничтожить или вывести из строя всю электронику на большом участке поверхности земли. Кроме того, ЭМИ можно было управлять и направлять на зону поражения. Кроме того, в этом случае не будет ни ударной волны, ни радиоактивного заражения, возникающих при ядерном взрыве в атмосфере. Если все это правда (а некоторые неожиданные побочные эффекты, наблюдавшиеся на Гавайях после американских ядерных испытаний на Тихом океане в 1962 году позволяют предположить, что так оно и есть), вся система командования и управления современными армиями может быть парализована.
Договор о Частичном запрещении ядерных испытаний 1963 года, соблюдение которого тщательно контролировалось при помощи спутников на ультравысоких орбитах, делал невозможным проверку теории ЭМИ даже в самом ограниченном масштабе. Это, а также другие ограничения, такие как риск принять испытания за ядерный удар, прочно удерживали этого джинна в бутылке. Все, что можно сказать об этом оружии, содержалось в статье научного обозревателя Лондонской «Таймс» от 4 декабря 1981 года, где говорилось, что если эта теория верна, два ядерных взрыва в космосе могут парализовать НАТО, а еще два парализуют Организацию Варшавского Договора. Конечно, не было никакой защиты от подобного оружия в 1985 году, когда началась война, однако, в промышленно развитых странах в начале 1980-х годов были предприняты, по крайней мере некоторые меры по защите линий связи. Это было, в общих чертах, повышение надежности цепей питания ключевого электронного оборудования и более широкое использование в главных системах связи и управления оптоволоконных кабелей. Вполне возможно, применение ЭМИ серьезно нарушило бы работу линий связи, но это не прекратило бы войну и не дало бы стратегического преимущества ни одно из сторон. Именно поэтому ни одна из них не перевела теоретические изыскания в области ЭМИ в стадию практических испытаний.