К катастрофе привели события, последовавшие за этой битвой, а ее источником стал конфликт между столицей и провинциями. В конце августа в Константинополь стали прибывать гонцы, принося противоречивые известия о поражении, о том, что Роман мертв, а по другим сведениям – попал в плен. В этих обстоятельствах Пселл и семья Дук, которые никогда не желали видеть на императорском престоле Романа, заявили, что теперь править должен Михаил VII, уже достигший подходящего возраста. Варяжская гвардия собралась вокруг молодого человека и начала стучать по своим щитам, провозглашая его единственным правителем. Но через несколько дней в столицу прибыли новые гонцы с известиями о том, что Роман жив и даже уже не в плену – он воссоединился со своим войском и идет на запад. Конечно, семья Дук могла принять это и дать Михаилу VII вновь вернуться к подчиненному положению, но они не пожелали сделать это, и по всем провинциям был немедленно разослан приказ более не признавать Романа императором. В последовавшем за этим противостоянии Роман IV, несмотря на весь свой опыт и авторитет, быстро потерпел поражение. В мае 1072 года его войско было разбито Андроником Дукой у города Адана. Вместо того чтобы продолжать безнадежную борьбу, пытаясь удержать город, Роман сдался, когда ему пообещали личную безопасность. Но Дука обещания не сдержал, и свергнутого императора ослепили, причем это было проделано настолько зверски, что через несколько месяцев Роман умер.
Это была безоговорочная победа Михаила VII и его сторонников, означавшая, что теперь он находится в полной безопасности как единственный император, правящий в Константинополе. В прошлом этого было бы достаточно, но десятилетия отчуждения между столицей и провинциями не прошли даром. Многие из тех, кто был предан Роману IV, отказались признавать суверенитет Михаила VII и создали свои независимые владения в Малой Азии. Французский наемник Руссель де Байоль, служивший в войске Романа во время сражения при Манцикерте, поднял мятеж и увел 400 отрядов, которыми он командовал, чтобы стать независимым правителем в феме Армениакон со столицей в городе Амасья. Местные жители, отчаявшись получить защиту от далекого Константинополя, стали платить налоги ему, и таким образом у них появилась сила, способная защитить их от турецких набегов. Филарет, армянин, который также был с Романом IV при Манцикерте, захватил под свою власть Эдессу и большую часть Киликии. В 1077 году Никифор Вотаниат, командир, который спас своих людей от засады печенегов в 1047 году, был провозглашен императором и начал поход на Константинополь. Позже в том же году другой генерал, Никифор Вриенний, объявил себя императором в Адрианополе.