Однако не только язычники пострадали в ходе этой религиозной революции. Христиане, которые придерживались той версии веры, которая отличалась от официально признанной, тоже оказались на линии огня. Принимая христианство, Константин, видимо, не учел того, что по целому ряду вопросов Церковь была разделена. Наиболее серьезным был вопрос о том, кем являлся Иисус Христос по отношению к Богу-Отцу. На копье эту проблему подняли в вечно беспокойном городе Александрии. Согласно учению местного священника по имени Арий, Иисус был сотворен Богом и, следовательно, не мог быть равен ему. Но другие христиане считали, что Христос был божеством в той же мере, что и Бог-Отец. В надежде положить конец спорам в 325 году Константин созвал в Никее церковный собор, который позже стали называть Первым Вселенским собором. На нем присутствовали 300 епископов, которые приняли Символ Веры, формулу вероисповедания, которая соответствовала линии противников Ария. Согласно ей, Иисус единосущен Богу-отцу, то есть является таким же Богом, как и Отец.
Но на этом противостояние не завершилось. Арий и его сторонники продолжили проповедовать свою версию богословия, и к концу своего царствования Константин склонился на их сторону. После смерти Константина его преемником стал Констанций II, который явно благоволил арианам (как и несколько следующих императоров). Соответственно те, кто поддержал решения Никейского собора, были объявлены еретиками и подвергались преследованиям. Их лидером был резкий в высказываниях, не скрывающий своих взглядов патриарх Александрийский Афанасий, которого трижды ссылали на северные окраины империи. Но в конце IV века маятник качнулся в другую сторону. Феодосий I, воинствующий противник язычества, оказался также убежденным сторонником решений Никейского собора. В феврале 380 года он издал эдикт, согласно которому отныне все христиане должны были исповедовать веру по формуле, принятой на Никейском соборе, и только тогда они могли быть признаны «вселенскими». Несколько месяцев спустя все епископы-ариане были низложены, и вместо них поставили сторонников Никейского собора. А в следующем году в Константинополе собрался Второй Вселенский собор – для закрепления богословских решений, принятых в Никее. «Отрава арианской ереси» была объявлена вне закона, и формула вероисповедания, выработанная в Никее и Константинополе и позднее закрепленная решениями Халкидонского собора 451 года, оставалась официальной доктриной Византийской империи на протяжении всего ее существования. Горе любому, кто думал иначе: отныне все считавшие Христа менее божественным, чем Бог-Отец, признавались еретиками.