Арта и Никея стали центрами противостояния латинскому императору, причем не только военного, но и идеологического. Правители обоих городов объявили себя законными византийскими императорами, посланными Богом, чтобы изгнать раскольников-латинян из Константинополя и восстановить былую славу державы. Феодора Ласкариса короновал в Никее в 1208 году Константинопольский патриарх в изгнании, соперник Морозини. Правитель Эпира ждал до 1225 года, когда ему удалось освободить от латинян Фессалоники, и тогда архиепископ Охридский совершил обряд помазания императора. Дворы Арты и Никеи были устроены по образцу Константинопольского. Вновь стало востребовано классическое греческое образование: оно, как и прежде в Константинополе, было обязательно для поступления на государственную службу. Оба города много приобрели от того, что неожиданно получили столичный статус: их украсило множество новых построек. В Арте появился величественный пятиглавый храм, а в Никее в XIII веке возвели шесть новых церквей и дворцы для императора и патриарха.
Но противостояние не ограничивалось риторикой и внешними проявлениями. Вскоре эти государства-преемники уже располагали грозными армиями. Умелое ведение сельского хозяйства и торговли позволяло им процветать и копить необходимые ресурсы. Кроме того, в эмиграции эти византийцы не утратили способности поглощать постоянные волны миграции народов, вынужденных покидать свои земли. В первой половине XIII века и христианский, и мусульманский миры были охвачены страхом перед монголами, чья империя стремительно расширялась на запад. К 1241 году эти быстрые конные воины уже были на границе Венгрии, где сокрушили коалицию латинян, которая попыталась преградить им путь. Спустя два года то же самое произошло с турками-сельджуками Малой Азии. Султан Коньи (Икониона) сумел уцелеть, но отныне он должен был платить монгольскому хану ежегодную дань. Другие кочевые племена под натиском монголов бежали. В 1237 году группа половцев перешла Дунай и Балканские горы и укрылась в Македонии, разорив по пути земли болгар. Никейские византийцы, не имевшие общей границы с монголами, сумели обратить ситуацию в свою пользу. Они предложили половцам переселиться в долину Меандра в Малой Азии, и те стали важной частью армии Никейской империи. Но не только степные народы вроде половцев служили наемниками у правителей Никеи и Эпира. Как и до 1204 года, в их армиях было много латинян. Византийцы прекрасно понимали, что выходец из Нормандии или Ломбардии не отождествляет себя с фламандскими императорами и их венецианскими союзниками, которые правили Константинополем, а потому готов верно служить за хорошую плату. И так и происходило.