Эффектная победа над персами и возвращение Сирии и Египта означали, что теперь византийскому императору предстояло взяться за решение проблемы, которая тревожила еще Юстиниана и его предшественников: добиться какого-то согласия между монофизитами и халкидонитами. Та легкость, с которой персы завоевывали восточные провинции в период с 613 по 619 год, отчасти объяснялась безразличием местного населения: оно не видело причин противостоять захватчикам и защищать власть, которая считала их веру ересью. Персы умело воспользовались этой ситуацией. Множество иерусалимцев-халкидонитов были убиты, а монофизитов не тронули. Теперь, когда персы ушли с этих территорий и в Александрии и Антиохии были восстановлены византийские наместники, нужно было добиться того, чтобы восточные провинции примирились с правлением из Константинополя. Эта проблема преследовала Византию на протяжении всего ее существования. При всей значимости Константинополя, способствовавшей спасению империи в момент кризиса, сконцентрированные там богатства и власть отталкивали окраинные территории, для жителей которых столица была далекой и чуждой. Императоры успешно налаживали отношения с иностранными захватчиками и привлекали их к защите империи, но добиться того же результата в отношении своих собственных монофизитов было куда сложнее.
Как и многие до него, Ираклий решил испробовать компромиссное решение. В 630 году он встретился с патриархом Антиохии, который был монофизитом, и 12 другими епископами, чтобы выработать доктрину, с которой могли бы согласиться обе стороны. Они пришли к тому, что получило название «моноэнергизм»: к идее о единстве действий Христа как Богочеловека. В июне 633 года в Александрии прошел собор духовенства, который провозгласил моноэнергизм общепризнанным вероучением. Монофизиты вроде бы были готовы принять его, и в какой-то момент стало казаться, что расколу скоро придет конец. Однако же новая доктрина не устроила халкидонитов, и ее так резко осудили в Константинополе и Риме, что Ираклий был вынужден отказаться от нее. В 638 году на свет родилась новая компромиссная доктрина – монофелитство, идея о том, что, хотя Христос имел и божественную, и человеческую природу, божественная воля едина. Эта инициатива получила еще меньше сторонников, чем предыдущая, ибо она была совершенно неприемлема для монофизитов и устраивала очень немногих халкидонитов. Полный решимости продвинуть ее, Ираклий прибег к силе, и монофизитское духовенство снова было загнано в подполье. К этому времени на первый план снова вышла проблема очередной волны вторжений.