Не скоро стало ясно, что стоит за апатией императора. Оказалось, что у него развился панический страх воды. И для того, чтобы Ираклий попал в столицу, нужно было предпринять нечто экстраординарное. Вместо корабля, который мог бы перевезти его на другой берег, был собран большой флот. Суда поставили на якорь бок о бок, чтобы образовался мост через пролив. Сверху настелили доски, сотни кустов и других растений выкопали с корнем и посадили в горшки, которые расставили по обе стороны прохода. Когда все было готово, императора убедили сесть на коня и въехать на мост. Листва растений закрывала вид на море. И только тогда Ираклий наконец прибыл в Константинополь.
Тем временем ситуация в Сирии становилась все хуже. Сельская местность находилась в основном под контролем арабов, а города, потеряв надежду на помощь от императора, сдавались им один за другим. Иерусалим был окружен, но горожане, опасаясь повторения событий 614 года, держались в течение двух лет. Выход из этого безнадежного положения нашел городский патриарх, который начал переговоры с халифом Омаром. В обмен на обещания, что христиан и их святыни не тронут, городские ворота наконец открыли, и победоносный халиф въехал в них на белом верблюде. Это произошло в феврале 638 года. В следующем году пала Антиохия, вслед за ней Эдесса и Дара. В начале 640 года арабский полководец Амр ибн аль-Ас вторгся в Египет и подошел ко второму по значимости городу империи Александрии. Патриарх и префект города Кир, как и патриарх Иерусалима, надеялся, что византийская армия придет к нему на помощь, но этого не случилось, и ему пришлось вступать в переговоры с арабами. В ноябре 641 года он заключил с ними перемирие на один год, пообещав по истечении этого срока сдать город. А затем в Константинополь были отправлены срочные донесения с просьбой к императору скорее прислать помощь.
Ираклий не предпринял ничего, чтобы остановить надвигающуюся катастрофу, но это не так уж удивительно: к тому времени он был очень болен. Он страдал от водянки, от которой его внутренние органы разбухали и больно давили на мочевой пузырь. Этот недуг и стал причиной смерти императора в феврале 641 года в возрасте 66 лет. Его кончина могла бы стать началом возрождения Византии, но этого не случилось, поскольку Ираклий оставил завещание, согласно которому на престол должны были взойти его сыновья, Константин и Ираклеон, и править совместно. Это было непопулярное решение. В то время как Константин был сыном первой жены Ираклия, Евдокии, которая умерла в 612 году, матерью Ираклеона была Мартина, племянница и вторая жена Ираклия. Женитьба императора на столь близкой родственнице вызвала скандал, и Мартину в Константинополе недолюбливали. Все сходились на том, что истинным преемником Ираклия являлся Константин III, но в свои 29 лет старший наследник был серьезно болен. Большую часть времени он проводил во дворце в Иерии, где климат был для него благоприятнее. Тем не менее он пережил своего отца всего на четыре месяца, и ходили слухи, что его отравила мачеха, Мартина.