В Улан-Батор вместе с новым полпредом прибыл замнаркома внутренних дел Михаил Фриновский, 13 сентября отправивший Ежову шифровку об аресте — с согласия Х. Чойбалсана и А. Амора — видного деятеля Энзона (якобы «английского резидента, перевербованного японцами») и его помощника Дамдина, а также о планах разгрома «ламской тибетской колонии» и проникновении «в сеть английской связи на Тибет и японской на Хайлар (Маньчжурия)»… В том же сентябре 1937 г. после посещения Фриновским и Мироновым Улан-Батора были введены — по предложению Фриновского — особые тройки для быстрого расстрела «врагов народа».
Миронов к этим карательным делам имел прямое отношение, выступая в качестве непосредственного руководителя истребления «врагов монгольского народа». Полпред Советского Союза в Монгольской Народной республике был не столько полномочным представителем, сколько фактически полномочным правителем этой страны, реально ставшей просто одной из республик СССР. Диктаторские полномочия Сергея Наумовича хорошо видны из его докладных в Москву. Террор, который развязал этот «дипломат», был чудовищен.
Полпред, разумеется, не замедлил быстро разобраться с сомнительными монгольскими чекистами. Уже 18 октября Миронов сообщал в НКВД (не в НКИД!) о вскрытии «большой контрреволюционной организации» в системе МВД Монголии и получении сведений от первого заместителя премьер-министра Чойбалсана насчёт показаний на прокурора МНР Борху и посылке их премьеру Амору для постановки вопроса об аресте. Да, так и было: первый вице-премьер сообщает советскому послу сведения, выбитые чекистами на прокурора, а посол направляет их главе монгольского правительства.
В феврале следующего года Миронов предлагал арестовать новых заговорщиков и просил «срочно помочь инструкторами». Этих инструкторов у Миронова было множество, и немалая часть из них, кстати, потом пошла под суд вместе с полпредом. 3 апреля 1938 г. он сообщил Фриновскому о результатах своей работы: арестовано по «заговору» к 30 марта 10.728 чел., среди которых преобладали ламы (7.814), а также буряты с китайцами (две тысячи), министерские чиновники и старшие офицеры (500 чел.) и феодалы (322 чел.). В планах Миронова было арестовать за апрель дополнительно четыре тысячи лам, а позднее — ещё две тысячи. К исходу марта уже было осуждено к расстрелу 6.311 чел., что составляло порядка 3 % взрослого мужского населения Монголии… Всего монгольские тройки в 1937–1939 гг. осудили более 25 тыс. чел., приговорив к смерти свыше 20 тыс., или 80 % [290]. Таким образом, Монголия потеряла до 10 % мужского населения.