Затем воля начальства перебросила постепенно растущего в должности контрразведчика в Среднюю Азию. В марте 1927 г. Барковский стал старшим уполномоченным, а затем начальником отделения в ГПУ Туркменской ССР. Скорее всего, в Ашхабад его пригласил глава ГПУ Туркмении В. А. Каруцкий, отлично знавший кадры дальневосточных разведчиков. И там перед Барковским наличествовало обширное поле деятельности — одна охота за многочисленными басмачами, легко уходившими после своих набегов за границу, чего стоила. А ведь Средняя Азия к тому же много лет находилась под солидным агентурным колпаком очень профессиональной британской разведки Интеллидженс Сервис… Когда по приказу Москвы отделы контрразведки слили с особыми отделами, Барковский стал военным контрразведчиком: с сентября 1930 г. он работал помощником начальника и начальником Особого отдела ГПУ Туркмении, занимаясь теперь подавлением крестьянских восстаний.
В следующем году Барковского наконец-то приняли кандидатом в члены партии, но из-за начавшихся три года спустя следовавших друг за другом чисток и проверок партбилетов он так и не успел стать полноправным коммунистом. В феврале 1933 г. Барковского перебросили в соседний Казахстан — так началось его обратное движение на восток, закончившееся Сибирью. В Алма-Ате Барковский получил должность помначальника Особого отдела ОГПУ-НКВД Казахской ССР, но не сильно засиделся в аппарате. Год спустя, в феврале 1934 г., этот достаточно высокопоставленный работник ОГПУ вдруг надолго исчез из столицы Казахстана. Началась его последняя зарубежная командировка.
Дело в том, что как раз тогда в «особом районе Китая» Синьцзяне произошли большие перемены. Этот граничивший с Советским Союзом регион был почти независим от центральных властей и в раздираемом гражданской войной Китае стал ареной противоборства Англии, Японии и большевиков. Основное население Синьцзяна составляли отнюдь не китайцы, а уйгуры, казахи, киргизы, дунгане. Туда от большевиков бежали басмачи из Средней Азии, а в 1933 г. хлынул поток жертв «великого джута» — истребительного голода, постигшего казахов после гибели основной части скота в результате коллективизации. Не меньше ста тысяч полуживых казахов оказались в голодавшей чуть менее сильно Западной Сибири, но гораздо большее количество откочевало в Китай, оставшись там навсегда. Кое-кто из беглецов в составе вооружённых отрядов пробивался обратно в СССР, чтобы по возможности отомстить за большевистский геноцид. Так что у чекистов Казахстана были большие интересы в Китае.