После снятия с работы в Смоленске Жуков более полутора лет ждал назначения, находясь в резерве, но в итоге не проиграл: бериевский отдел кадров пригласил его в центральный аппарат НКВД на должность начальника отделения. Это означало, что обошлось даже без понижения. Хоть в 1940 г. вопрос об аресте Жукова трижды (!) ставился особой комиссией НКВД СССР, но такими ценными кадрами товарищ Берия разбрасываться не пожелал. Законникам всё же швырнули косточку: в начале 1941 г. по приказанию Л. П. Берии и В. Н. Меркулова Жукову дали 20-суточный арест за нарушения законности в 1937–1938 гг.
С февраля 1941 г. Жуков работал замначальника 1-го отдела Второго (контрразведывательного) управления НКГБ СССР, а в августе получил пост начальника 4-го отдела Второго управления НКВД СССР. О функциях этого отдела может дать представление перечень обязанностей, возложенных на пять его отделений. Первое отделение «обслуживало» агентурным наблюдением польское, чешское, югославское, греческое, шведское и норвежское посольства и миссии, а также колонии, военные миссии и атташат. Второе занималось организацией агентурной работы по линии польских нелегальных организаций в генерал-губернаторстве, польской ссылкой и лагерями, польскими колониями за рубежом. Третьему отделению была поручена следственная работа, четвёртое ведало представительством свободной Франции и испанской эмиграцией. На пятое отделение была возложена закордонная работа.
С мая 1943 г. комиссар госбезопасности 3-го ранга Жуков возглавлял 7-й отдел Второго управления НКГБ, имевший аналогичные задачи. С 17 августа 1941 г. по сентябрь 1944 г. он одновременно был заместителем уполномоченного Генштаба по делам иностранных военных формирований, уполномоченным СНК СССР по иностранным союзным формированиям на территории СССР и уполномоченным Ставки ВГК по этим вопросам. В январе 1942 г. ему добавили должность главного офицера связи НКВД при командовании Чехословацкой армии. С июля 1944 по 19 сентября 1944 г. Жуков был заместителем представителя правительства СССР в Польше (г. Люблин). Его работа требовала постоянного контакта с верховной властью: как свидетельствует журнал посещений Верховного Главнокомандующего, в 1942–1944 гг. комиссар госбезопасности Жуков в течение 21 раза встречался со Сталиным[373].
Начальник над славянскими союзниками
Хорошо запомнил генерала Жукова один из соратников Тито М. Джилас, впоследствии написавший любопытные мемуары и важную книгу о коммунистической номенклатуре «Новый класс», что стоило ему многих лет в югославской тюрьме. Согласно мемуарам М. Джиласа, встречавшегося с Жуковым в 1944 г., «стройный и бледный блондин, всё ещё молодой и очень находчивый, Жуков не был лишён чувства юмора и изысканного цинизма — качеств нередких для сотрудников секретных служб. Говоря о Югославской бригаде, он сказал мне: «Неплохо, учитывая материал, с которым нам пришлось работать» […] Жуков был прекрасным государственным служащим, и на основе опыта на него большее впечатление производила сила, нежели идеология, в качестве средства достижения коммунизма. Отношения между нами достигли известной степени близости, хотя в то же время были и сдержанными, потому что ничто не могло отодвинуть в сторону расхождений в наших привычках и взглядах… Жуков подарил мне офицерский ручной пулемёт — подарок скромный, но полезный в военное время».